マイコンの未使用ピンについて

まず、大前提として、多くの場合、当該マイコンのハードウェアマニュアル（データシートではなくマニュアル）に未使用端子の推奨処理方法が書かれていますので、書かれていた場合は、その処理方法に従いましょう。

その大前提を踏まえた上で、一般論を答えると、内蔵プルアップがあれば、基本的にはオープンで大丈夫です。

ただし、内蔵プルアップの有効無効を切り替える事が出来る端子の場合、マイコンのリセット解除から、ソフトが動作し始めてポート初期設定が完了するまでの僅かな時間、内蔵プルアップは無効の状態になっており、運悪く、このタイミングで大きなサージ的ノイズが入ってきた場合にはラッチアップする恐れがあるとされています。
これは、内蔵プルダウンでも同様です。
極めて稀な現象ですし、私はそのような現象に遭遇したことはありませんが。

マイコンメーカーによっては、空き端子処理に内蔵プルアップ（プルダウン）の使用を推奨していないメーカーもあります。

その場合、入出力ポートは、出力設定でLo(又はHi)固定でオーブンとするか、もしくは入力設定で外付けプルダウン(プルアップ）。
入力専用ポートは外付けプルダウン(プルアップ)になります。

空き端子処理に、内蔵プルアップの使用を推奨していないメーカーの考え方を推測してみました。
内蔵プルアップは、外付け抵抗のような金属皮膜や炭素皮膜の抵抗が内蔵されているわけではなく、半導体を使って形成されています。
いわばON抵抗がかなり大きいFETがON状態で挿入されているような物と考えることが出来ます。
これにより、外付けの金属皮膜抵抗のような安定性が担保されていないのではないかと考えます。

いずれにしても、メーカーのマニュアルに空き端子処理が書かれていれば、それに従うのが最適です。