理系学部の教授で有名なブランド大学とは？

製薬企業で研究職として勤務している者です。

製薬企業の研究開発職は、非常に倍率が高く難関となっています。
私は旧帝薬学出身ですがどこにも決まらず全滅した人も普通にいました。
学歴も重要ですが、それだけではなく研究テーマや研究力、
エントリーシートの内容や面接での受け答えなど、全てにおいて、
高いレベルであることが必要となってきます。

大学院を選ぶにあたっての検討事項ですが、
１．どこの大学院を選ぶか
２．どの研究分野を選ぶか
３．どの研究室（教授）を選ぶか
の３点に尽きます。東大や京大などレベルの高い大学院の方がいいのは
当たり前なのですが、いくら東大でも研究分野が全然ハズレでは、
内定を貰うのは難しいと考えてください。学歴だけでは内定は出ません。
学歴＋研究分野の両方が揃って初めて戦えるようになります。
大学院と研究分野を絞った上で、製薬企業に顔の利く教授の研究室を
選べば、運が良ければ推薦が回ってきたりすることもあります。
ただし、大学院＋研究分野の２つの条件が満たされれば、
コネや推薦は無くとも内定は十分に可能です。したがって、
そこまで「どの教授か」に拘りすぎる必要はないかと思います。
それよりも研究分野の選択の方が重要だと思います。

製薬で需要のある研究分野とは、大雑把に言えば、
化学系なら有機合成と、生物系なら動物実験の２つだと思います。
「○○病の研究をしているから製薬にも近くて有利」などと短絡的に
考えてはいけません（もちろんそういうのでも有利にはなりますが）。
それ以前に、上で挙げたような枠組の方が遥かに大事です。

ですので、まとめると、
まず東大や京大をはじめとする旧帝大の院を目指しましょう。
別に研究科はどこでも構いませんが、研究分野は吟味すべきです。
どういう研究分野が有利なのか、もっともっと情報を集めましょう。
（実はこの点で薬学は有利なのです。創薬の流れを知っているので、
　製薬にどういう業務があり、どういう人材が必要とされているのかを、
　知っているからです。ですので質問者様が薬学ではない場合、
　製薬産業のことや創薬のフローについてしっかり勉強しておかれる
　ことをお勧めいたします）

No2.で回答したものです。

ひとつ抜けてました。
外部の大学院にいくと、その、就職活動までにある程度の結果を残さなければなりません。
通常、四月入学から就職活動開始までの半年ではあまり形にはなりませんし、そのような、研究目的でなく就職のために大学院に来た生徒へは先生はもちろん先輩方もあまりいい顔はしません。
大学院は学部と異なり共同体としての色がとても濃いです。

彼らは、生徒が研究を頑張るために自分の時間を割いて指導してくれるのですから。そして、研究結果を残してほしいのですから。

なので、東大や京大（すべてではないと思うが）、また、研究にとても力を入れている（企業からも認められる）ような研究室では博士後期課程に進むことが前提ということも十分あります。

その点を踏まえて、大学院探しを、大学院訪問をしてくださいね。

門外漢ですが、聞きたいことが良く分かりません。
それが回答が来ない理由かも知れません。

まず、製薬会社に行きたいのに、理工学部に進学したいというのは矛盾しませんか？
普通は薬学部の大学院に行くべきです。それとも、薬剤師以外のポストや必要な分野が製薬会社にあるのなら、それをまず、明確にすべきです。

有名な教授を知らないということですが、文系と違いメディア露出の機会や必然性が少ない分野で「有名」の意味は何なのでしょうか？
まず、自分のやりたいことを明確にして、それにあった研究をしている教授を探すべきだというのが、あなたの受けたアドバイスだったのではないでしょうか？そのことを、真剣に受け止めていないような気がします。