早慶理系学部４年卒と九州大学理系大学院 研究職に就きたい場合、どちらが有利？

早慶で、70％が大学院に進む現状、学部で就職するというのは、企業側でも「このこは研究したくないのね」と判断します。
ガッツリ研究をしているメーカーなどでは、修士卒なら本人のやる気によっては留学させてもらえます。
30年前友人は、研究所に入れてもらえるという条件で入社し、本人もがばって、博士号をとって、某大学の教授に転職したけど。

私の時は、学部で36名、修士に17名進んだ
学部で出た人間は、基本的に全員　研究職ではありません。
修士を出た人間で、30過ぎても研究職を続けられたのは、半数の8人もいません。
※　博士まで進んだ人間が5人で3人が教授で、2人が独法で研究者だなぁ。
これが、30年前　40％程度が修士に進んだ時代の東大工学部のある学科における実例となります。

修士課程に80-90％進む時代ですので、学部卒が研究職になれるのは、さらに可能性が低いでしょう。

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%A0%B9%E5%B2%B8%E8%8B%B1%E4%B8%80
根岸さんの時代ならまだ学部卒でも頑張れたかもしれないが、もうそんな時代ではない。
というか、フルブライト奨学生になったという時点で相当優秀なんですが。
※　恩師が根岸さんと同世代だが、言われたのが「ぼくらのころは　理一は500人だったが、君等は1000人以上だ、じゃぁ今の1000番目が昔の500番と同程度かというと、そうじゃない。今の500番が昔の500番、500人は水増しで入ってきているんだからな」
というような、数の少ない時代の人なのです。

>研究職に付きたい場合

　これが大学等の教官＝研究者であるなら、博士課程までゆくことは必須です。で、その先は絶望的な状況です。東大本郷でも博士号を持ち40歳になっても何のポストもない人がゴロゴロいます。「ポスドク」を検索にかけて下さい。


　企業等の研究職の場合・・旧帝大の大学院修士課程修了が必須です。すでに回答がありますが、東大でも学部卒では研究職には就けません。早稲田、慶応、東京理科大の学部卒からは東大・東工大へ大学院進学者が多数います。

　九州にこもっているよりはあなたも東京・京都・大阪大の大学院を目指した方がいいですよ。　

学部卒って、実質半年も本格的な研究はできていません。これがマルッと２年以上やっている修了生に敵うわけがない。

早慶が東大でも、まじめに取り組んだ院生なら、どんなに下の大学でも、学部生は院生にはかないません。もし、敵わないような大学院があったら、何やってんだ、という感じかと。

この例外が、博士課程を持たない大学で学んだ学部生。博士課程生がいないということは、修士がトップで何とか研究を回している状況。人手不足を補うためか、学部生で３年生後半から実戦投入しているところが多い。この学部生のエリートなら、かろうじて修了に届く可能性がある。

このご質問、幼稚園児と中学生くらいの差があると思ってください。大学卒と高卒の差よりずっと大きいです。

後者。
ちなみに、学部生から研究職就活を臨むなら、大学院博士課程の無い大学が圧倒的に有利です。