彼の妹さんへのお祝儀金額

3万円で十分だと思います。
彼氏に相談するのも良いと思います。

妹さんは、貴女の結婚式には夫婦連名でご祝儀を出します。
別々というのは、新婚早々に今にも離婚する冷え切った夫婦のようで、有り得ません(笑)
招待状も、連名で1通だけ出してください。

地域にもよるのですが、結婚式への夫婦出席のご祝儀は8～10万程度が一般的です。
妹さんはお若いでしょうからそれより少額しかくれないかもしれませんが、基本的には質問主さんはその額を貰えるものとしてご祝儀をだしておいたほうが、無難です。
(もしも妹さんからのご祝儀が少ないようなら、その次からのお付き合いで額を調整していけばいいので)

その上でご祝儀ですが、婚約者さんがいくら出すか知っていますか？
婚約者さんより貴女のほうが多く出すということはないようにし、あわせて8～10万を越えるようにすればいいでしょう。
婚約者さんが兄として10万出すというなら貴女は3万でいいとおもいます。
婚約者さんが5万なら貴女も5万で10万に合わせておく。
婚約者さんが3万、貴女も3万だと、妹さん夫婦から貰う(予定の)ご祝儀を下回るので、みっともないですので、婚約者さんからのご祝儀を増額させることも考えた方がよろしいでしょう。
未来の姉として、「2万では赤字」という話を聞いた上で2万しか包まないのは、今後の親戚づきあい上避けた方がいいですね。

２，３万円で良いです。

彼と結婚していないなら親族ではないですし、結婚していたとしても彼との連名で５万円とかでしょう？
一人で５万以上というのは、まあ実の兄弟姉妹の場合ぐらいでしょうね。