結婚式の祝儀について

子Bさんのときに5万円包んでいるので、今回も5万円でいいと思います。

子Bさんの時にご夫婦出席でいただいたご祝儀の額を考えると７～8万円包んでもよかったかと思います。

なお、親族の場合には親族の代表者から代表者へ伝えるということで、お作法にはかなっておりますので、Aさん⇒義母⇒主さんのルートでもお祝いを送って差し支えございません。

今回、結婚式には招待されていない（知らされていなかった）のであれば、結婚式後に祝いの品やご祝儀を送ることについて詫びる必要は全くありません。
結局のところ、結婚式関連の贈り物については「結婚したという事実を直接知らされた時点」でどうするかを考えるものです。（結婚式に招待されていて欠席したのであれば別です）
結婚をした当人から直接知らされていないなら、たとえ「Aさんから聞いた」としても祝いの品などを贈るべきではありません。Cさんがあなたに伝えてほしいとAさんに伝言を頼んでいる場合は別ですが「Cがこの間結婚したのよね」とAさんが言ってるだけなら「おめでとうございます」の一言をAさんに伝えることはあっても、Cさんに祝いの品を贈るまでにはならないということです。

あなたがお祝いを贈るということは、礼儀としてCさんはこの返礼品を贈らなければいけないということにもなります。こうした手間を省きたいのかもしれません。
「とても近しい仲」とか関係性が強いのであれば、贈るべきですが「親戚付き合いでとりあえず」レベルなら贈らないというのも選択肢です。

ご祝儀（現金）を贈るのであれば、5万円はBさんに贈ったのと同額ですので「これ以上にならなければ」失礼にはなりにくいでしょう。しかし、結婚式に出席して渡すご祝儀というのは「招待してくれてありがとう」とか「式を含めて入用になるでしょうから」という意味合いで渡されることが多いので、（式もなければ食事もないので）5万円より下げて3万円とかでも失礼になりません。
現金ではなく「お祝いの品」を贈るという手もありますし、ご祝儀（現金）を1万円+あまり高価にならないお祝いの品物でもいいかもしれません。

親戚との関係性がいまいちわかりませんが、下手にほかの親戚に聞いて回れない（結婚しましたのはがきが来てるなら別ですけど）ので、健在ならご両親などに相談されるか、「直接聞いてないなら触れないでおく」ほうがいいでしょう。

親族の話をしているのに、どうしてあなたとCさんの関係を書かないのでしょうか。

金額だけで判断するなら妥当だと思います。
一筆加えるかどうかは気持ちなんで、自らそう思わないなら、その必要はありません。