税金について

そんな簡単な話ではありません。

会社で行う年末調整というのは、その会社及び前職（重複期間がある勤務は除く）からの収入で、かつ、給与所得だけを対象として、所得税のみを確定させるものとなります。

さらに、年末に在籍している従業員については、会社が年末調整を行う義務のあるものとなるでしょう。したがって、年末調整をしてもらうかどうかは、任意性のある者ではないのです。

また、ＦＸなどの所得があるのであれば、勤務先の年末調整をするかどうか関係なく、確定申告をしなければなりません。

住民税についてですが、所得税の確定申告をする際に、住民税についての記載箇所で特別徴収を選択すれば、給与天引きをしてもらうことは可能です。
これを普通徴収とした場合で、会社側が給与支払い報告（源泉徴収票とほぼ同様式）をあなたの住所地役所に提出し、特別徴収としていれば、給与分についてのみ給与天引き、それ以外を普通徴収（本人納付）となるでしょう。

所得税の計算方法ですが、年末調整で行える範囲の所得だけであれば、確定申告でも同じ計算になり、税額は同じです。しかし、会社の年末調整であれば、会社が立て替えての還付をしてくれます。しかし、申告となれば、一定の税務署による審査、銀行振り込みによる還付などという形で、還付まで２カ月近くかかることもあります。
年末調整で合算できない所得などがある場合には、そもそも比較できないことです。

給与天引きの所得税を源泉所得税と呼びますが、従業員側からすれば同じ所得税です。

住民税ですが、所得税の確定申告の情報は住所地役所に転送されます。
会社の給与支払者という立場でも、給与支払い報告という形で住所地役所に提出されます。
住所地役所はいろいろな届出などを受け、課税もれがないように資料整理の上で課税を行うことでしょう。
所得税の申告の対象とならない人で住民税の申告義務がある人や任意申告が可能な人については、住民税の申告を行うことも可能なのです。

ＦＸの損失などともなれば、合算申告での還付の可能性もありますし、住民税側では、給与とそれ以外に分けることができない可能性もあることでしょう。