医療費控除で保険金充当の場合について

No.２です。

＞支払年月日、支払った医療費、補填される金額に分かれていると思います。
いいえ。
「医療費の明細書」には支払年月日を記入する欄はありません。

参考
https://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinkoku/shotoku/yoshiki02/pdf/003.pdf

＞入力は支払日毎に行う必要があるかと思いますが、3つの領収書を合算して記載すればよいのでしょうか？
前に書いたとおりで、支払日ごとに記入する必要ありません。
入院の医療費（３枚の領収書の合計）を記入し、「補てんされる額」に給付された生命保険金を記入します。

＞親は私の扶養家族ですので…

医療費控除の要件に、「扶養家族」などという文言はありません。
先に紹介した#1120 をもう一度ご覧ください。

＞私の考えであってますか…

保険金等で充当されたお金の扱いに関しては、それで合っています。

＞あってますでしょうか？
いいえ。
病院の入院費の請求（領収）書は、病院によって異なり、１５日ごとのところもあるし、１か月まとめてというところもあります。
お書きのとおりになるとしたら、病院によって医療費控除の額が変わってきてしまいます。
もし、厳密にするということになれば、１日ごとの医療費に対し３０００円と比べて行かなくてはいけなくなります。
また、保険の４日目以降１日３０００円の給付というのは、何日目の分からということではなくあくまで給付の条件であり、給付金の額を決めるためのものでしょう。

＞そうでない場合、どのように計上すべきでしょうか？
５９０００円（支払った医療費）－５４０００円（保険金などで補てんされる金額）＝５０００円
５０００円＋１８００円（交通費）＝６８００円（医療費控除額）
です。

＞去年、親が入院しました…

それはわかりましたけど、そもそも誰が医療費控除の確定申告をするのですか。
またその医療費は誰が払ったのですか。

親がというのだからあなたの確定申告でしょうけど、医療費控除に限らずどんな所得控除も、実際に支払った人が控除を受けられるだけです。
親が払ったものを子が申告すること、およびその逆は原則としてできません。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1120.htm

ただ、現金で払っている場合は、お札に名前が書いてあるわけではありませんから、「生計を一」にする家族が代わりに払ったと主張することもできます。
親の預金から振り替えられたり、親のカードで決済されているような場合は、子にはまったく関係ありません。

まあ、それはクリアできるとして、

＞なので、最初の9/8～9/10は保険充当されないので、そのまま10,900円と計上…

その考え方で合っています。

税金について詳しくは、国税庁の『タックスアンサー』をどうぞ。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/index2.htm