サラリーマン確定申告で税金請求された

年末調整や確定申告は正しい税額に清算する行為です。これで還付金があることもあれば、追加で納税しないといけないこともあり得ます。前者は還付金を諦めることになりますが、何の問題も起きません。後者の場合は脱税になるので、申告して払わなければ、後日余計なお金まで払うことになるでしょう。

ところで、会社で年末調整はされてないのでしょうか？これを正しくしていれば、確定申告の必要は基本的にありません。あるとすれば医療費控除や住宅借入金等特別控除の１年目、他にも収入があったとかです。

毎月天引きされる源泉所得税は仮の税額であり、年末にならないと正しい所得税額は算出出来ません。この正しい所得税額とそれまで天引きされていた源泉所得税の清算を行うのが年末調整や確定申告になります。
https://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/gensen/zeigakuhyo2014/01.htm

源泉所得税は多めになっていることが多く、大抵は還付金が発生するようになっていますが、あなたが会社に提出した“給与所得者の扶養控除等の（異動）申告書”と実際が相違していれば（扶養者が減った）、追加で納税することも十分あり得ます。例えば奥さんを配偶者控除対象者として申告していても、年末になって年収が103万円を超えていたとかです。16才未満の子供を扶養者としてカウントしていた場合も同じで、これも対象者とはなりません（こども手当が出来てからは、16才未満は扶養控除廃止）。代わりに、控除より高額な子供手当が支給されていますので。
https://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinsei/annai/gensen/annai/1648_01.htm
https://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1180.htm

ということで、正しい所得税額に清算しただけなので（申告自体が間違ってなければ）、二重取りとか損したということはありません。その納税を拒否すれば、上記したように後で更に加算された税金を払うことになるだけでしょう。

可能性としては、
(1) 確定申告の記述内容を間違えた。正しく修正すると追加は不要
(2) 確定申告で給与所得以外の収入を申告した。これは追加があってもおかしくない
(3) 可能性としては少ないですが、勤務先の年末調整が間違えていた。正しく計算すると追加納付が必要ということもある

＞一旦確定申告すると取り消し出来ませんか

(1)のケースで間違えていたのであれば修正できます。
https://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/2026.htm

(2)のケースで、申告する必要のある収入を申告したのなら、申告しなかったことにする（隠す＝脱税）は出来ません。

たとえば、ちゃんと勤務先で年末調整をしていて、他に収入が無く、医療費控除や住宅ローンなどで還付を受けるために確定申告したのであれば、まず間違いなく(1)のケースだと思います。

と、質問を見直すと、離婚とのことですが、配偶者控除を受けていた奥さんと今年離婚して、配偶者控除の異動届を会社に年末調整前に出してないとすると、上記(3)のケースというか、あなたの届け出漏れ。納税漏れが判明したと言うことになりますので、追加納付が必要です。

長いですがよろしければご覧ください。

＞確定申告すると源泉税納めていても税金掛かるものなのですか？…

これは、ケースバイケースです。

なぜかと申しますと、「所得税の確定申告」は、「所得税の過不足の精算手続き」のことなので、「不足分を納める」「過不足なし」「納め過ぎの分が還ってくる」の3つのパターンに分かれるためです。

（参考）

『所得税＞申告と納税＞確定申告｜国税庁』
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/2020.htm
>>【所得税の】確定申告は、……1年間に生じた所得の金額とそれに対する所得税の額を計算し、源泉徴収された税金……などがある場合には、その【過不足を精算する手続き】です。
---
『所得税＞給与所得者と還付申告＞還付申告｜国税庁』
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/2030.htm
>>【確定申告書を提出する義務のない人】でも、給与等から源泉徴収された所得税額や予定納税をした所得税額が年間の所得金額について計算した所得税額よりも多いときは、確定申告をすることによって、納め過ぎの所得税の還付を受けることができます。この申告を還付申告といいます。……
---
『確定申告期に多いお問合せ事項Q&A＞Q1　所得税の確定申告をする必要がある人は、どのような人ですか。｜国税庁』
http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinkoku/shotoku/qa/02.htm#q01
『所得税＞給与所得者と確定申告＞確定申告を要しない場合の意義｜国税庁』
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1900_qa.htm


＞税金の２重取りみたいですが本当に納める必要有りますか…

はい、「本当に納税額が不足しているのであれば」、納める義務があります。

もちろん、「源泉所得税だけで足りている」ならば納める必要はありませんし、「納め過ぎ」であれば還してもらえます。


＞…16才以下の子供４名と暮らしています、扶養者控除駄目？

はい、「扶養控除」は、「16歳以上の【税法上の】扶養親族」がいる場合にのみ受けられる「所得控除」です。

ですから、お子さんが「16歳【未満】」の場合は、「扶養控除による所得控除の額」は「0円」ということになります。

（参考）

『所得税＞所得金額から差し引かれる金額(所得控除)＞扶養控除｜国税庁』
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1180.htm
>>「控除対象扶養親族」とは、扶養親族のうち、その年12月31日現在の年齢が16歳以上の人をいいます。
---
『所得から引かれる「控除」、仕組みを理解して節税を！｜All About』（更新日：2013年08月09日）
http://allabout.co.jp/gm/gc/424898/


＞一旦確定申告すると取り消し出来ませんか…

はい、「確定申告【書】」を一旦提出すると「提出しなかった」ことにはできません。

ただし、「確定申告書に記載した内容が間違っていた」≒「納めるべき所得税を多く（あるいは少なく）申告してしまった」という場合は、それぞれ「更正の請求」「修正申告」という手続きを行なうことで「訂正」することが可能です。

なお、「【平成26年分の】所得税の確定申告書」については、「平成27年3月16日」までであれば、「改めて、もう一通正しい内容の確定申告書を提出する」ことで訂正が可能です。

ちなみに、「もう一通提出する」場合は、（行き違いを防ぐため）「事情を記したメモ」を添付しておいたほうが「無難」です。

（参考）

『確定申告期に多いお問合せ事項Q&A＞Q23　確定申告の内容が間違っていた場合、どのような手続をすればよいのでしょうか。｜国税庁』
http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinkoku/shotoku/qa/07.htm
『所得税＞申告と納税＞確定申告を間違えたとき＞提出した確定申告書の間違いを法定申告期限の前に発見した場合｜国税庁』
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/2026_qa.htm#q1



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（その他、参照したWebページ・参考リンクなど）

『パンフレット「暮らしの税情報」（平成26年度版）＞申告と納税｜国税庁』
http://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/koho/kurashi/html/06_1.htm
>>【国の税金は】、納税者が【自ら】税務署へ所得等の申告を行うことにより税額が確定し、この確定した税額を【自ら】納付することになっています。これを「申告納税制度」といいます。
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『申告納税制度｜コトバンク』
http://kotobank.jp/word/%E7%94%B3%E5%91%8A%E7%B4%8D%E7%A8%8E%E5%88%B6%E5%BA%A6
>>……コンプライアンスが前提となっている制度であるため、納税者が意図的に脱税を行なうことを阻止できない。そのため、申告納税制度を補完するものとして、一部の納税者を選定して税務調査を行なう制度や、脱税や申告の遅延に対して、追徴課税をできる「更生（正）決定」が国税庁には認められている。
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『更正決定｜コトバンク』
https://kotobank.jp/word/%E6%9B%B4%E6%AD%A3%E6%B1%BA%E5%AE%9A-62433#E3.83.87.E3.82.B8.E3.82.BF.E3.83.AB.E5.A4.A7.E8.BE.9E.E6.B3.89
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『課税に不服なとき＞不服申立ての手続｜国税庁』
http://www.nta.go.jp/taxanswer/fufuku/huhuku3.htm
『国税庁の機構＞納税者支援調整官を設置している国税局・税務署のご案内｜国税庁』
http://www.nta.go.jp/soshiki/kokuzeicho/kiko/nozeishashien/index.htm

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『国税庁の機構＞税務署の仕事｜国税庁』
http://www.nta.go.jp/soshiki/kokuzeicho/kiko/works.htm
>>個人課税部門は、所得税や個人事業者の消費税等についての個別的な相談や調査を行っています。……
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『腹が立つ国税局の税務相談室｜税理士もりりのひとりごと』（2009/07/15）
http://moriri12345.blog13.fc2.com/blog-entry-365.html
『税務署が親切｜こっそりと。』（2007/03/11）
http://blog.livedoor.jp/stock_value/archives/50363449.html
『還付申告は混雑期を避け３月１５日過ぎに｜井岡雄二税理士事務所』
http://www.ioka-youji.com/article/13617737.html
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『「税理士」というお店にはちゃんとした商品を並べなあかんやろ｜税理士もりりのひとりごと』（2012/ 03/23）
http://moriri12345.blog13.fc2.com/blog-entry-1264.html

***
『年末調整＞年末調整のしかた｜国税庁』
http://www.nta.go.jp/taxanswer/gensen/2662.htm
>>……その年1年間に給与から源泉徴収をした所得税……は、必ずしもその人が1年間に納めるべき税額とはなりません。
>>このため、1年間に源泉徴収をした所得税……と1年間に納めるべき所得税……を一致させる必要があります。この手続を年末調整といいます。
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『年末調整の後に扶養親族等が異動したとき｜国税庁』
http://www.nta.go.jp/taxanswer/gensen/2671.htm
>>…なお、【徴収不足税額がある場合】の年末調整のやり直しについては、その異動があった年の翌年の1月末日以降であっても行う必要があります。
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『Q　源泉徴収を忘れてしまっても、（支払いを受けた人が）確定申告をしていれば大丈夫でしょうか？｜CSアカウンティング株式会社』(掲載日：2008年09月08日)
http://www.cs-acctg.com/useful-kyuyo/000107.html
>>A……源泉所得税の納税はあくまでも徴収義務者である会社が納税をするのであって、受取人が確定申告をしたとしても源泉徴収の義務は消滅しないと考えられます。……

***
『確定申告期に多いお問合せ事項Q&A＞Q8　住民税や事業税の申告はどうなるのですか。｜国税庁』
http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinkoku/shotoku/qa/02.htm#q08


※間違いのないよう努めていますが、最終判断は各窓口に確認の上お願い致します。
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所得税というのは申告税なんですよ。

あなたが収入や支出を確定申告したところ、所得税を払う必要があるということです。
税務署ですから、二重取りとか、まさか間違えないと思いますよ。

考えられるのは、源泉徴収が正しく行われていなかったか、あなたの確定申告の書類が間違えているのか、収支に間違いはなく、払う必要があるのかです。

確定申告は修正が出来ますので、一度きちんと税理士さんなどに相談してみては？
扶養の件も含めてね。

感情に任せて質問文を書かれても、それを読む者には事情が理解できませんよ。

＞税金の２重取りみたいですが本当に納める必要有りますか
どんな所得に対して、どんな課税をされようとしてるんですか？

年収700万円位とのことなので、基本的には確定申告の必要が無いケースが多いわけですが、なぜ、確定申告をしたのですか？
一定の給与所得以外の所得があったために、確定申告の必要性を関係者から説明されたのでは？

サラリーマンであっても、特許の報奨金や従業員用積み立ての利息や社外の講演会の講師報酬等々で、給与所得以外の例えば「雑所得」が、各所得の控除額を上回っていれば、確定申告の必要がありますよ。
そして、これらの給与所得以外の所得については、源泉徴収されていないことがあります。（だからこそ、確定申告の必要性を従業員に説明している会社も多々あります）

年収700万円位のサラリーマンが、何故、確定申告をしたのか、ということの説明が無いと、税務の専門家ですら正確な回答はできないと思います。