会社の社会保険料について教えてください。

給与額面４０万円とすると、厚生年金と健康保険で保険料は５７０００円くらいになります。
同額を事業主も負担しますので、保険料合計は１１４０００円となり、妥当な線かもしれません。
http://www.kyoukaikenpo.or.jp/g3/cat330/sb3150/h31/h31ryougakuhyou3gatukara

ただ、注意が必要なのは収入が給与になるのか請負・報酬になるのかです。厚生年金適用事業所で厚生年金に加入させないのは違法ですので、そうならないように雇用契約ではなく請負契約、いわゆる一人親方状態の自営業者の扱いになる可能性があります。

ちなみに、国保組合で厚生年金の加入の場合でも配偶者は３号被保険者になれます。

土建国保と書かれていますので、おそらく国民健康保険組合（以下、国保組合）として、事業所は健康保険適用除外を受けていると思います。
健康保険ではなく、実は、国民健康保険への加入です（組合として加入している形になります。）。

全ての法人事業所と、常に５人以上の従業員を雇用する個人事業所は、どちらも法令に基づいて、健康保険と厚生年金保険への加入が義務付けられています。
ところが、国保組合の場合、年金事務所で健康保険適用除外の承認を受けると、引き続き、国保組合への加入を継続できます。
つまり、一般企業のサラリーマンのような健康保険＋厚生年金保険といった形にする必要はないのです。
既に健康保険適用除外を受けている事業所であるなら、従業員を新たに雇用したときも従業員を適用除外として加入させることができますから、ご主人の場合もそういった取り扱いがされていると思います。

事業所が健康保険適用除外になっているかぎりは、健康保険には入れません。
国民健康保険ということになるため、被扶養者という概念も存在しません。
そのため、保険料については、本人分のほかに家族分も発生（家族ひとりひとりに対して）します。正直、健康保険と比較すると割高感が生じます。

配偶者は、国民年金第３号被保険者（いわゆる「サラリーマンの妻」）にもなれません。
健康保険の被扶養者である、ということが国民年金第３号被保険者になるための条件であるわけですが、先ほど記したように、土建健保には被扶養者という概念が存在しないので、つまりは、国民年金第３号被保険者にもなれないのです。
一般の健康保険＋厚生年金保険ならば、ご主人が健康保険の被保険者であれば、配偶者としてのあなたは年収次第で被扶養者になれますし、かつ、国民年金第３号被保険者にもなれますが、土建国保ではそれがかなわないことになります。
つまり、あなた（配偶者）は、自らが健康保険＋厚生年金保険の事業所に勤務しないかぎりは、自ら国民年金第１号被保険者となって国民年金保険料を納付しなければいけません。

厚生年金保険のほうは、手取りで￥35万／月ということですと、本人負担分だけでも、月に￥４万～￥４万５千ほどにもなります。
したがって、土建健保の保険料（口座引き落とし）と住民税や所得税額などを合わせて￥10万／月近くになる、という点は至極妥当です。

厚生年金保険に関しても、事業所が健康保険適用除外を受けていると、土建国保では強制加入ではありません。
ただし、質問文を拝見するかぎり、厚生年金保険には加入しているようですね。
となると、厚生年金保険法第82条の規定により、「個人で保険料を払ってくれ」との言い分は明白な違法となります。
つまり、厚生年金保険料については、必ず、本人（ご主人）と事業所とで折半で負担することが義務付けられます。

以上のようになりますので、まず「まるまる手取りで￥45万払う」「個人で保険料を払ってくれ」という申し出は、決して受け入れてはなりません。法令違反の片棒を担ぐことにもなり、処罰されることにもなりかねませんので、くれぐれもご注意下さい。
その上で、手取り上限￥35万／月の範囲内で調整して、上述した土建国保のデメリットを受け入れて対応していただくしかないように思います。
　

要するに社会保険・厚生年金・雇用保険は月額基準報酬額で細かく納付額が決定されており、年金については会社と折半し更に扶養者の年金も会社が負担しています。
だから手取りｘｘ万円欲しいと言えば計算が非常に面倒になり会社が負担する金額多くなりますので、非正規の労働者が増えているのです。
また生保などで年収ｘｘｘｘ万円以上ある方は会社に勤めているのにも関わらず子会社にしている場合がある。