真直度の測定方法についての質問

　算出方法について補足です。
　書かれている「中心線からY方向に最もずれている穴のずれた値を2倍」という計算方法は、穴位置が基準線に対して±方向に、ようは波打つようなズレ方をしている場合には概ね適当ですが、一定の方向にのみズレている場合には過剰な値になります。
　とは言えどちらも『厳密な方法より悪い値になる』という方向の誤りですから、「その測定方法で大幅にOKなら合格」という用途なら一定の合理性があります。

>>検査や品質管理をどのように実施されているか
　この辺りは部品の用途や公差指示の厳密性、コスト次第で千差万別です。量産品か小ロット品か、などでも変わります。

　厳密にやるのであれば三次元測定機が必要になりますし、検査用の専用治具を使用する場合もあります。
　また品質管理の場合にはあくまで社内的な話になるのか、ユーザーとの契約等に発展するかでも話が変わります。

　あくまで私の感覚論と経験談になりますが、多くの会社では貴方が書かれているような簡便であるが厳しい方向の測定を現場レベルで実施し、その値が目標値に対して大幅に余裕がある場合には合格とし、際どい場合に厳密な測定を行うケースが多いと思います。

　現場レベルの簡便な測定方法としては、概ね一般的、やや丁寧な測り方というところです。
　検査や品質管理だとすると、定義レベルから誤っているため不正解な値になってしまいます。

　正解な測定方法となると、『一番端の穴同士を結んだ線を中心線と見なし』が誤りです。それぞれの穴の座標値から基準線を算出する必要があります。
　ただこれをやろうとすると3次元測定機が必要になってきます。あるいはフラットバーの側面が基準面として用いられる程の平面度があるなら、側面からの距離から計算は可能ですが、これもシンプルな平均値ではないので、表計算ソフト程度は必要です。

　現状の測定方法も完全な的外れというわけではなく、また概ね数値が悪い方向に出るやり方なので、公差的に余裕があるならその値を正としてしまうのも一案かと思います。
（目的次第ではありますが）

測定方法のご質問何でしょうか？　真直度をそのように定義することの是非についてのご質問なのでしょうか？

ご質問の中には、どのように測定しているかという「測定方法」について述べられていませんが。