クライアントへのサブAssy品納入の見積もり方法と費用について

特には、1)工数(加工費)、2)消耗部品、3)運搬費4)一般管理費等ですかね。このケースだと事前見積りは、厳しいでしょうから注文主と協議して決定してみてはどうでしょうか？いろんな対処法があるとおもいますよ。

まず目に見える物として、
加工品以外の部品、例えばシリンダ、ベアリング、センサなどの市販購入品が支給されるのか、込みで組み立てるのかによってそれらの金額を見積に入れるか入れないかを決める必要があります。
さらに細かい共通部品、ネジ、ボルト、ワッシャ等も同様事前に協議する必要があります。
その他組立に必要な工具類も初期投資が必要ですが（そんなに金額ははらないと思いますが）それをどのように見込むのかこれも場合によっては客先と協議する必要があります。

それ以外に目に見えない費用として管理経費を見ておく必要があります。
部品点数が多くなればユニット毎に部品を集めたり工程順に並べたりする必要がありますが、組み立てる作業以外にこういった仕事も結構時間がかかります。
客先はこの作業をなかなか認めてくれませんが、何らかの形で見積に織り込んでおかないと、きっちり見積工数通りに組んでいるのにいっこうに儲からないと言う事もあり得ますので注意してください。

ただ慣れないうちは客先もそれを承知していますから、工数をきっちり管理して実績時間で請求するのも一つの方法です。
この場合は時間チャージは「勉強代」と言う事でちょっと低く設定されてしまいますが。
長い目で見てお客さんもhideyukiさんの会社も上手く回れる方策を練ったらいいと思います。