400Wのサーボモータの回転ムラについて

許容イナーシャがかなり厳しい所にきていると思います。KFシリーズのデータがないのではっきりしませんが、三菱製は許容イナーシャを越えると速度は不安定になる事を経験しています。減速器のイナーシャを含めて正確に計算された方が良いと思います。

許容イナーシャの問題だと思います。減速比を教えて下さい。

応答データを見てみないと，なんともいえないところではありますが，モータのトルクリップルによる一定速度送り時の速度脈動であれば，先に記述したように速度ループゲインを上げていく方向となります．
速度ループゲインをあげていった時の応答は，どのように変化したでしょうか?
ゲインを上げていくことにより逆に速度脈動が大きくなっている場合，減速器や減速器出力側シャフト部にねじり方向の弾性変形が生じているため速度脈動が生じている可能性が考えられます．
この場合は，２慣性系の振動抑制問題として，サーボモータメーカ各社にて各々制御アルゴリズムおよび制御パラメータの変更による解決策をもっています（多分）．
残念ながら，三菱の関係者でないため詳細な変更箇所は不明ですが，もう一度状況を詳細に説明し，メーカに調整してもらうのが得策かと思います．
また，速度脈動が上記のねじりによる振動である場合，負荷の円板の慣性モーメントを小さくする（例えば，板厚を薄くする，素材をアルミに変更，円板の径を小さくする）ことにより，速度脈動が改善されると思われます．

鉄の板の形状や回転速度や取り付け方向や減速比など分からないところもありますが、一般的に速度ムラは定格速度の1,2％程度となります。それより悪いのでしたら通常の使い方ではサーボモータのゲイン調整で直します。サーボのメーカによっても違うのですが今回のは三菱のやつでしょうか。その場合はオートチューニング機能を無効にしてゲインをマニュアル調整するのがいいでしょう。方向的には速度ループゲインを上げる方向で回転ムラが小さくなると思います。