TIG溶接におけるピンホールや気泡の原理とは？

原因と対処法については、先の回答者の方々のとおりですが、
原理を知りたいということですので、補足します。
ピンホールや気泡は、ガスの閉じ込めによって生じるわけですが
これには、
1）凝固方向が不安定になって、シールドガスを閉じ込めてしまう。
2）凝固中に金属からガスが放出されて集まってしまう。
3）溶接の熱により、化学反応を起こしてガスが発生する。

の3つがあります。ただし、TIG溶接は凝固が静かなため、
1）が原因である可能性はあまりなく、ほとんどが2）か3）によります。

2）は、溶接時に溶融した高温の金属中に溶け込んだ気体が、その溶融した金属が固まっていく際に気体の溶解度（溶け込むことのできる量）が下がり、気体となって金属の外部に排出されることによって生じるものです。
炭酸飲料をコップにいれるとコップの縁に泡がたくさんできる現象とまったくおなじです。この、溶け込む気体の発生源が、回答者1の方の酸化物からの酸素であったり、回答者2の方の窒素であったりします。

3）は、固体の炭素が気体のCOあるいはCO2に変わって体積膨するというケースが最も多くみられます。金属中の炭素の場合もありますが、外部から持ち込む場合も多々あります。特に油分は要注意です。（水素の影響もありますが）

窒化処理がされていませんか？
窒化処理がされていると、溶接熱によって窒化鉄が熱分解を起こし、脱窒（鉄と窒素が分離して抜け出る）を起こします。その窒素が気泡となって残ります。
それを研磨するとピンホール・気泡になります。
恐らくはそれではないかと。

これは鉄と反応させる窒化処理にはついて回る問題です。

カナック処理の場合、脱窒現象が極端に少ないので、溶接が行えます。
（材質によって処理できない可能性もありますが）

自身ありと記入してしまいましたが、tara555さんの記述の可能性もありましたね・・・。
失礼しました。

おそらく溶接するときの母材に油やごみなどが付着していてそれが原因で膜を作り、巣（ピンホールや気泡）を作ると思います。（古い鋳物でも同じことが起こります。）
試しに綺麗に掃除をしてから溶接をしてください。溶接機に問題がなければ綺麗に溶接できるはずです。
他に鋼材の黒皮（ガス切りしたまんまの面）を溶接する場合、そのままＴＩＧをするとほとんど巣や火の粉の飛びが出てくると思います。この場合の対策して黒皮をサンダーか何かではぐ必要があります。