ＮＣ旋盤の原点設定が狂うんです…

　まず、私はＮＣ旋盤を使い始めて２週間のど素人ですので、トンチンカンな言い回しや、質問内容になっているかもしれないことを御了承頂ければ幸いです。
　さて、本題なのですが、オークマのＮＣ旋盤を使っているのですが、材料を加工する際に、手動で材料の端面を０．１ミリくらい削ってから、その位置のＺ点を「０」にするというやり方で、「材料の原点設定」を行っております。次に「らくらく対話」で端面の「０」の点（上で設定した所です）から２ミリ削るとして、「－２」と入力します。当然これだと、材料はもとの大きさから２ミリ削れて出来上がってくるはずなのですが、そうなりません。。。実際は４ミリくらい削れた代物が出来上がってきます（涙）
　お聞きしたいのは、「らくらく対話」で入力したプログラムと、実際に刃が動く距離に差が存在してしまう、という現象が生まれてしまっているのです。
これは何故に起きてしまうのでしょうか？（伝わりにくい言い回しで申し訳ありません…）
　ベテランの使用者や、わかる方で、なおかつ、上の文面で訴えている内容がわかる方。心と時間に余裕があれば御教示していただければ幸いです。