部品のクリアランスについて

回答（１）の方の意見に類似します。恐らく板金の加工であると思いそれを前提に回答いたしますが、板金物は、曲げ、溶接で形状を構成しますので、公差を入れてもその通り加工できることが少ないと思われます。逆にシビアな公差を入れることによって部品加工費もｕｐいたします。その箱の精度にもよりますが、自分であれば、証拠寸法（絶対値）で大きさをきちんと変えておくか、回答（１）の方のように、きちんと入るようにという図面の目的を記載してはめあいを加工業者に確認させたあと、納品させます。次に箱をして側面からネジ止めする構想ですが、これも注意が必要です。蓋と箱のクリアランスが非常に大きいとネジ止めした際、両者が引っ張り合って変形の原因になります。どのように・・・という案は即答できませんが、懸案事項としてご設計されてみてはいかがでしょうか？

絵が書かれていると、ついつい回答意欲を掻き立てられてしまいますw
さてフタと箱の大きさが分らないし、プレス+溶接での加工なのか？
機械加工では無いと仮定し、曲げ加工+溶接での加工とすると・・・
私が作図するとしたら、最低でも片側0.25mmの隙間は付けるような
公差を図面に書き込みます。実際製作する場合は、現物の箱に0.25位
のライナーを噛ませて仮止めし溶接するように注記の指示を書き込む
テスト的に一個やってみて、数量が多いときはそれを元に修正しますね

小さいSUSの箱ありましたのでを計って見たところ、0.2～0.3位でした。
参考まで。

詳しい用途がわからないので適切な回答かどうかはわかりませんが、アドバイスとして見てください。

箱と蓋の組み合わせですから寸法記入としては、箱側はマイナス公差（外寸法）、蓋側はプラス公差（内寸法）で図面に指示をすれば問題ありません。クリアランスについては用途毎や塗装の有無により異なるので、加工屋さんに相談するのが良いのでは。。。

箱と蓋とが張り合って、然るべき力関係で変形して落ち着きます。
公差はその程度に問題ない範囲ということになります。
特に丸形なら、公差、ガタが大きいと隙間と変形が目立つことになります。
また角形でネジ位置を角に近くすると変形が目立つので、角から離すほうが良いかもしれません。
これで回答になりますかナ？？