SKS3焼き入れでのタップ穴とリーマ穴の問題

簡単に言えば、焼き入れによる“焼き膨れ”です。
焼き入れにより、組織が変わり、微妙に焼き膨れします。

ですから、リーマ穴がある場合は研磨や、ねじ穴がある場合は浸炭や窒化等を選択し、
ねじ部分は硬度が上がらなくするか、歪みを極力抑える硬度アップ方法を選択します。

以上が、一般的な対応です。

焼鈍工程を追加させることで、熱処理による歪を除去してみては如何でしょうかね、
焼鈍とは 「結晶温度まで再加熱を行いゆっくり冷ます」熱処理のことで、 主に内部応力を除去・材料の軟化(粘り強さ)等を目的とします。
焼きなまし（やきなまし、annealing、「焼き鈍し」「焼鈍（しょうどん）」とも）と同義語になります。加工硬化による内部のひずみを取り除き、組織を軟化させ、展延性を向上させる熱処理である。
鋼をオーステナイト組織の状態で十分保持した後、炉中で徐冷する。
SK材よりSKS材は熱処理歪は少ないのですがね。SKS-7の材質に変更する事で改善できる場合もありますが、金型材料であるなら、入手性が無いと考えてください。参考になればと回答しました。