蛍光を用いた物質の定量方法について

どんな物質を測定対象とするか次第でしょう。
添付の文献は、核酸（DNA・RNA）の定量法について紹介したものですが、
励起した蛍光物質は構造的に不安定なので分解しやすいこと。分解を防ぐためにアルミホイルをかぶせたり暗所に置くことなど遮光が有効な手段と記載されています。

物質に依りにけりです。

大抵は、数日程度の時間経過では顕著な劣化を示すことはないでしょう。
ですが、ものによっては蛍光の励起波長を吸収すると分解してしまう故に、測定を重ねるごとに蛍光が減弱するとか、単純に化学的に不安定などで時間とともに分解が進み、蛍光が減弱するといったことはあり得ます。

ですので、具体的な蛍光物質がわからないと「何とも言えない」しか言えません。

＞蛍光は時間経過とともに減少すると考えられますか？
組成が全く変わらなければ、同じと考えていいかと
で無いと分析する意味が無いので。
（紫外線などを当てすぎて劣化するとはかは別ね）

その後の部分は意味不明なので、補足を待ちたいと思います。