工場の生産性に相関があるデータを求める方法とは？

まず目的は何ですか？
＞工程の生産性に相関があるデータ(影響があるデータ)を求めています。
では、意味不明です。

＞品種4000種類/日を合計16,000個生産しており、1品種の生産個数は1～100個とバラバラです。
＞品種が多すぎるので、顧客数（20）で生産量をまとめました。

どういう相関を予想して計算されているのでしょうか？
自分には意味不明でした。
手詰まりというより、もともと道が作ってない気がします。

工程生産性を洗い出すなら
(1)装置稼働率
(2)装置毎の加工TATと待ち行列時間
(3)製品ごとの加工工程管理と加工原価の集計
(4)製品ごとの加工費と売価の粗利集計
などから始められたらどうでしょう？

　似たような業務をしています。
　その経験から言うと、生産性への影響度を相関係数で『探す』のはあまりオススメできません。それっぽい偽相関にひっかかる可能性が高いです。

　例えば品種ごとの工程数であるとか、特殊な工程が入る入らないであるとか、「生産性に影響しそうだ」という要素をある程度論理的に絞り込んでから、その確認のために相関係数を使う方が良いと思います。
　またその確認する場合も相関係数だけでなく、散布図での実態把握なども合わせて行い、想定しているような傾向が出ているかの確認は確実に行う必要があります。

No.1です。

4000品番と顧客とに関係があるなら（どの顧客はどの品番に偏っているとか）顧客との相関を見た上で解析する手はあるかもしれませんが、作業者に、顧客や品番に拘わらず作業がおりてくるのだとしたら、顧客毎の解析は何を意味するのだろう？という気もします。
作業者や工程が顧客に紐付いているわけでは無いのですよね？

顧客ごとの生産性と生産量で相関を取ればよいと思います。
目一杯注文が入って、ブンブン回ってる工場なら優劣が出ると思います。
実際には生産量は注文数に大きく左右されるはずです。
人員数は注文数に合わせて変えることはできないでしょう（特に短期間）。

品番が違っても１個あたりの製造工数は同じなのでしょうか？それが違うとしたら、単に個数だけのデータを眺めていても何も分からないと思いますが、、、
品番が違っても工数が同じなら個数だけで議論しても良いですが、次は品番を切り換えるときに工数が掛るのかどうか等々、良く考えてから解析する方が良いと感じました。