縦型マシニングセンターで治具の勉強をしたい場合の方法は？

市販で対応出来る治具ならそれを使う方がいいとは思う。

マシニングに限らず加工用治具は自身が考えるのもあれば、
専用治具での量産とかもあります。
質問者の基礎からというのがどの程度か知らないが、設計・構造の事からというのであれば、普通であれば高校大学後設計を数年以上やってというぐらいのレベルまで求めるのでしょうかね。

あくまで自身で考えというのであれば、考え方によってだとは思います。
例えば、バイスで１個１個加工にしても異形状を挟む状態の物が同じならそれはA品物のバイス固定用治具です。
例えば、プレートに２つ３つと位置固定や基準位置など決めて品物をそれぞれセットして、というのも治具です。

ようはその品物に対し、これなら２個ぐらい並べてとかの発想と自身のこれなら機械でという感覚が必要だと思います。

>>いかんせんコストが・

設計したり作ってもらったり　したら　もっとかかりますよ


>>こればかりは経験以外にないと思います。
経験ではありません
フーーーン終わる人と
フーーーン終わらない人との差です

IoT化やAI化が進めば前者は滅びるでしょう
考えられる人と考えられない人

天性のものですので何とも言えない
ちなみに考えられない人は教育によって量産でき
日本人のほとんどは考えられない人になってしまった

　加工治具の基本は『位置決め』『固定』『段取り変え』をいかに効率よく行うかです。書かれているような環境なら、ある程度使い回しの効く汎用的な物を幾つか作っておくのが良いと思います。
　勉強というか、コツとしては「面倒くさいな、と思う部分からとりかかる」「構想と試作内容と結果は必ず記録して、振り返れるようにする」あたりですね。
　また治具の設計製造をやってる会社というのは世の中にいっぱいあるので、そうした会社のHPやカタログに事例紹介がないか探して、先述した要素の参考にするのも良いと思います。