スキャナーの質

きれいに読み取れるか、という意味では、
第一義的には「読取解像度」の数値が目安になります。
※一定面積をどの程度細かく分けて処理できるか○○dpiなどと表示
次に「色調の分解能」も重要ですね。
※色の濃淡を何段階まで分割できるか。○○bitなどと表示

また、あくまでもこれはセンサーの性能（機械の目）の話ですので、
そこから入力されたデータを処理するソフトウェアの出来も重要です。
（これはメーカー内ではほぼ同一ですね）

総合的に見て、スキャナー単体の性能でいえば、
やはり複合機のスキャナー部分よりは、
単体のスキャナー機のほうがよろしいかと思います。
複合機のそれはどうしてもコピー時の入力元、くらいのものが多いのと、
CISセンサーという、ガラス面に密着したものだけきれいに撮れるセンサーが多いので、
スキャナ単体機で採用されている
CCDセンサーのほうが、例えば本の綴じ代などのように、
若干ガラスから浮くような場合でも、画像の劣化が少ないです。
イラスト集のようなものから取り込むつもりであれば、検討したほうが良いでしょう。

>どれを選んでも一緒なのでしょうか？
検討中の機種があるのなら、メーカーや型番を挙げて、
具体的な用途（取り込んだ画像の使い方まで）を補足されたほうが、
より具体的なコメントが得られるかと思います。

https://cweb.canon.jp/canoscan/lineup/
キヤノンだとスキャナ単体だと上記ぐらいしか選択肢がないですね。
イメージセンサーはCISとスキャナ機能を搭載した複合機・プリンタと大差はないですね。

https://www.epson.jp/products/scanner/scannerlist.htm#personalPhotoGraphic
エプソンだと上記のようにキヤノンよりは選択肢はありますね。
https://www.epson.jp/products/scanner/gtx830/
例えば上記だと読み取りのイメージセンサーがCCDとなっていますね。

【ドキュメントスキャナー】CISとCCDの違いは？
https://faq.canon.jp/app/answers/detail/a_id/3264/
イメージセンサーの違いは立体物に強いとかって言うのはCCDに特徴としてはありますね。あとは機種によりますが読み取り時の解像度の設定に差があったりはしますね。解像度の違いが必ずしも綺麗に読み取れることとは一致はしません。読み取り時の設定次第で画像は変わってきますし読み取り後の画像の加工に仕方によっても違ってきますので。
用紙に書いたイラストを読み取る程度ならCISとCCDどちらでも構わないかも知れないですね。