大学院進学について

私は現在、某私立大学の農芸化学系を学んでいる3回生で、私の最も興味がある生物を利用した環境浄化に関する研究は今通っている大学の大学院にもあるのですが、来年他大学（旧帝国）の大学院を受験しようと思っています。
今通っている大学の大学院に進学する場合、私の興味のあるテーマをやるには少し特別で、4回生から引っ越して大学とは別の研究所で研究しなければなりません。そこで研究して卒論を書きその研究所で大学院も過ごすのですが、そこは何もないド田舎でそこの人達は年の離れた研究者ばかりで学生がいません。さらに大学院の授業があるときにはそこから３時間かけ授業を受けに行かなければならなくあまり気が進みません。
私の通っている大学はいわゆる三流と呼ばれる大学で、私はできれば研究職として環境浄化に直接関われるような職業につきたいと思っていて、私の通っている大学の院では就職は難しいと思います。
どっちに行くにしろもっと深く学びたいと思う気持ちがあり大学院に行きたいと思うのですが、就職のことを考えて他大の院に進学するのはいいのでしょうか？
今度、進学か就職かで考えていることを私の担当の研究室の教授に報告しなければならないのですが、同じようなテーマがあるのに就職のために他大の院にいくとなると理由が不十分で、反対されるのではないかと困っています。
また公務員試験のことにつきてあまり詳しくないのですが環境系の職業では公務員のほうがつきやすいのでしょうか？また大学院からでも公務員試験は受けられるのでしょうか？

長くなってすみません。