生物系学生の研究相談：分子細胞生物学や論文執筆についての対応方法を教えてください

質問者さんに対してというより、
回答者さんは…昼間の仕事の時間中に何を考えてこのようなサイトに遊びに来ているのでしょうか。
理路整然とした学生しか指導する気がないなら教員やめたらどう？
学生は貴方がたがサボっている時間の高給料の為に大金払って学費払っているんですよ。
夏休み冬休みを１カ月以上も取れる余裕があるなら、このようなサイトに遊びに来る余裕があるなら学生の面倒を見てあげましょう。もっとも、本当に指導力があれば『大学教員』はやっていないと思いますがね。
せいぜい楽して給料泥棒になってください。

政府はこのような暇人教員研究者の高給料に関しては『仕分け』をしないのでしょうか。

博士を取って、その後はどう生きて行くんですか？

その人生設計が先だと思いますよ。例えばですよ、どなたかがおっしゃるように、先生にお追従を使うとしましょう。それで、貴方が筆頭著者の論文を幾つか先生に書いてもらえば、博士は取れるでしょう。でも、実力が伴わなければ、却って、その博士号が祟ることになるでしょう。

そもそも、質問の(1)に「参考となる書籍やホームページを教えて」では、「高学歴ワーキングプアへの道まっしぐら」と言わざるをえません。大学に図書室ぐらいあるでしょ？　貴方の研究の内容は、論文として出版されるまでは、貴方と指導教官にしか分からない筈です。従って、自分で探すより他に道がある筈ありません。大体、既に書籍になっているような情報が「駆け込み寺」に成り得るような研究なんですか？　そうだとしたら、殆ど価値のない研究と言わざるをえません。

それにも関らず、「JBCクラスはいきたいです」とおっしゃる。「それなりのジャーナルに出す」ことが、どんなに大変なことなのか、想像すらできないのではないですか？

「イチローの打撃方法を解説してくれるホームページを探しています。学校の野球部では誰も指導してくれませんが、ホームページを参考に練習して、プロ球団に入団するつもりです。」と言う高校生が居たとしましょう。どう思います？

指導教官に問題ありとのことですが、これも、それを認識していながらその研究室に進学したあなた自身の責任の方が大きいと言わざるをえません。大学を卒業すればいい大人です。自己責任の世界です。

悪いことは言いません。長期的・現実的視点に立って、人生設計を練り直して下さい。

指導してくれる人がいなくて、
「論文を査読をパスして論文誌に掲載する」というのは
普通は無理だと思った方がいいです。
（例外はあると思いますが、それはたまたま運がよかったか、
　それとも本当に筋がいい子だけです。）
英語で書くんでしょう。

というわけで、論文を書いて博士号を５年間で取りたいならば、
１）別のラボ等に移る。ある程度やり直しになるから、
　　５年じゃ無理か。
２）土下座でもなんでもして、今の先生に指導してもらう。
　こういう風に考えるといいんじゃない。
　「大学院ってのは徒弟制。刀鍛冶と同じ。」
　「刀鍛冶の親方に入門して、酔っぱらった親方から
　　お前は目つきが悪いとぶん殴られても、この野郎って殴り返したりしない。むしろ、頭を下げて、心の底から「ご指導ありがとうございます。」って言える気持ちにならなければ。」

あなたのところの先生は急に殴りかかってきたりしないのだろう？
単に態度が冷たいんでしょう。状況は刀鍛冶よりだいぶいいんじゃない。
先生におべっか使いなよ。（会社に入ったら、上司におべっかは当然だよ。）だって、５年で博士を取りたいんだろ。それまでの辛抱じゃん。

MAPK, PKC, Rho , Ras, Par-などの因子の名前が教授の顔と一緒にぐるぐるしてしまいそうですが、詮索はやめますね。ひとつだけ最初に説教します。それは受け売りです。
私の友人はとても学生のときから優秀で輝いていました。
でもその指導教官は「あいつは、人にものが聞けない(教えを請えない）。」「もしこのまま聞くことができなければ、あいつもそれまでだ」
これはこんな風にネットで聞くというのではなく、自分の人生をすり合わせてでもひつようなことを学び取るという意味です。
研究は機械がやるものではなく、人間がやっていくものです。
（すくなくとも現時点ではね。）
ですので、人間の成長無くしてその人の研究テーマは伸びません。
指導放棄が事実なのであれば、あなたにひとりで困難を乗り越えるだけの時間と、場所と、もしかしたら実験に使うお金をあたえていることと矛盾します。あなたに研究室の出入りを許し、研究テーマをもつこと、所属を許している時点で指導は始まっているように思います。その点についてはどう思っているのかな？
こう書かれても今のあなたには、「でも、でも」といろいろと思うことはあるかとおもいます。若いのでそれはそれでいいです。ただ文面を読めばあなたのコミュニケーション能力がすこし足りないのではないかと邪推させる部分がありますので、それが現在のあなたの状況を生んでいるのではないかと思わせますね。
たとえばですよ、あなたは毎日毎日、指導教官から自分に有益になるものを何か引き出そうとしていますか？べつにおべんちゃらや、貢ぎ物をしろといっているわけではありません、自分がしたい実験があって、教授は別の実験を要求しているばあい、あなたは自分の実験ばかりしていませんか？そしてその結果についてコメントを求めているのではないでしょうか？もしちゃんと両方の実験をやってみせたら何か他の言葉を得られたんではないでしょうか？
「ディスカッションくらいアグレッシブにいったっていいですよねえ？」を許してくれるひともいれば、それでは話にならないというひとも沢山いますよね。自分はアグレッシブと思っているけど、教授にしたら遠吠えにしか聞こえないのかも知れません。とうてい意味をなしているようには思えないと。どうせだったら、あなたのその元気、気力を、指導教官から自分に利益のある言葉、教え、教訓を引き出すことに専念してみたらどうでしょうか？
あなたのありあまるエネルギーをもって「お願いします、教えてください」と頭を下げてみることも必要かも知れません。それがあなたの人間的成長を促進させ次のステップにあなたを導いてくれるはずです。
とにかく目の前の打開策を探しているのはわかりますが、まず研究を遂げるための方策と、それにひつような謙虚な姿勢。自分と他のひとの関わりをもっと考えて見てはどうでしょうか？
その上で、それでも今の状況があるのであれば、また何かアドバイスは出来ると思いますよ。
どう転ぶかわかんないけど、あなたに期待しますね私は。

質問タイトルも質問文も，とうてい「理路整然」とはいえず，何がいいたいのかよくわかりません。あなたの口頭発表や論文草稿もこんな感じなら，ぼくもどう指導していいかわかりません。後半の番号をつけた質問については，文意は理解できますが，内容的にドクターの先輩に聞くほうがいいのではと思います（個人的には専門が違うので何も答えられません）。