内部進学or他大学院受験

他のみなさんがすでに回答されていますが、

「○○大学院の△△教授の研究室にいって××の研究がしたい」

という考えがないのであれば、今の大学の院への進学をすすめます。
わざわざ大学を変える必要性がないからです。

就職の場所はどこの大学院からでも、
とくに関東周辺だと、日本全国どこの大学院にも求人行くと思います。
私は九州の工学系の修士卒ですけど、おなじ専攻科の３分の２以上の人は九州外に就職しました。

まぁ、まだ学部3年生とのことなので、来年度研究室配属になってから、
もう一度考えたらいかがでしょうか。

大学院進学は、

例えば、

「大学院で、糖尿病の治療に関する研究がしたい！」
↓
「糖尿病の治療に関する研究で有名なのは、Ａ教授だ」
↓
「Ａ教授のいる大学院は、Ｂ大学院だ」
↓
「よし！じゃあ、Ｂ大学院を第一志望にしよう！」

・・・といった感じで決めるのが一般的です。

・就職活動
・通学時間
・勉強時間
などは、二の次、三の次です。

何がやりたいのか？

まずは、それからだと思います。

大学院を決めるときは、地理的にとか時間がとかを考えるのが最初のステップではなく、
「～を研究したい」ということを第一に考えた結果、研究室が決まるのだと思います。

研究職に就くのであれば、なおのこと。
「何がしたいのか」が大事です。

三年生なら大学院に関する知識はその程度で無理ないかと思いますが、大学院は学部の延長ではありません。
大学院は「研究」するところです。それは知っていると思われるかも知れませんが、院生は原則的には「教授と対等」な研究者なのです。
ですから、それだけの「矜持と情熱」が必要なのです。
それを可能にするためには、「自分が本当に行ないたい研究」をしている研究室に属さなくてはとてもじゃないが無理です。
博士課程前期(修士)で終えるなら、現在の研究室に居続けても良いでしょうが、博士の学位を得て「一人前」の研究者になるには、「これっきゃない」と言うテーマの研究室に属さないととても激務に耐えては行けません。
ですから、もう少し情報を集め「自分の生涯」を決定するような研究ができる研究室を日本中から選んで下さい。お願いします。