【GT-S660】【カスタムモードできない】

>この現象はみなさんは起きてないというとこでしょうか？
残念ながら同じ製品は所有していないので実機で確認したりが出来ません。

https://www.epson.jp/support/portal/used/gt-s660.htm
にあるマニュアルを見てもスキャナ本体にリセットするような機能は特には無いですね。

>OS：Windows11のPC　（Windows10　のPCでも同様）
別のPCでも同じ状況だとするとOS自体の入れ直しなども恐らく意味はないでしょうね…
そのWin11とWi10のPCで共通して同じウィルスセキュリティ対策ソフトがインストールされているならOS標準のウィルスセキュリティ対策
の Windows Defender（Microsoft Defender）を使うようにしてみるとかでしょうか…

一度、購入先に連絡を入れて見るのも良いかも知れません。購入先での動作チェックでも同じことが起これば初期不良？って判断される可能性もありますし。

補足いただきありがとうございます。
再インストールではホームページからダウンロードされておりますでしょうか？
https://www.epson.jp/support/portal/download/gt-s660.htm

・ウィルス対策ソフトやセキュリティソフトを一時停止で再試行
・高速スタートアップをオフにする
https://rakuro.zendesk.com/hc/ja/articles/8861773231897
・PC再起動（Shiftを押しながらシャットダウンを選択）
https://askpc.panasonic.co.jp/beginner/guide/ten02/2006.html
・WindowsUpdateを最新の状態にする
・PCメーカーの更新プログラムの確認・更新
・アンインストール後再起動
・再インストール

とりあえずこれらをお試しになってみてはいかがでしょうか？

https://www.epson.jp/support/portal/support_menu/gt-s660.htm
こちらですか。

https://www.epson.jp/support/portal/download/gt-s660.htm
Epson Web Installerを使ってドライバを念の為、再インストールしてみるとか。

ドキュメントモードでは、［カスタム設定］の［原稿サイズ］を［自動検知］に設定してください。
とりあえず以下ページの要領で対処してみてはいかがでしょうか？
マニュアル通りにしてもダメなようであれば、初期不良も検討される必要があるかと存じます。

https://www2.epson.jp/support/manual/NPD7061_01.PDF#page=36