スキャン保存に英字が化け文字になる

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ご質問の内容だけでは質問者殿がどのようなソフトでどのようにしたのかまったく判りません。
>原稿をスキャンしてパソコン（PDF)に保存後、英字が化けてと読みとれません。

英字が化けてとはどのような現象でしょうか？
日本語は文字化けしないのですか？

PDF ってのは基本画像ファイルのイメージですよね？たとえば 「Windows」と書かれた文字列が 「#%ab0nX」といった風に表示されるのですか？
それならば、PDF 化する前のスキャン直後の画面はどうなっているのでしようか？

それとも PDF 化するときに「透明テキスト」を貼付したところ、その透明テキストファイルが文字化けして、PDF のその部分をカットアンドペーストしようとすると貼付されたテキストが文字化けしているのでしょうか？
その場合はスキャンの解像度をあげたり、スキャン後 OCR 化するソフトの設定などで該当する領域を「英字」と指定する事で認識精度を上げることが可能な場合もあります。
現在の EPSON 製品に付いている「読んde!! ココ パーソナル」に関しては知識を持ち合わせていませんが、以前に購入したスキャナに付いていた「読んde!! ココ パーソナル」に関しては試供品の意味合いが強く、製品版の「読んde!! ココ」のほうが使い勝手、変換精度などが数段良かった覚えがあります。

いずれにしても、まずはスキャナの設定できれいにスキャンすることからはじめる必要があると思いま。