ノートパソコンの立ち上がり速度

アプリのどうこうもありますが、基本的に「使えば使うほど遅くなる」のはWindowsの仕様です。
リカバリ用のディスクセットを使って工場出荷時状態に戻したら「えっ、元はこんなに速かったの！？」となることも珍しくありません。

そのついでにHDDをSSDに換装したりしたらまあ別次元の体感速度になるでしょうね。

OSが不明ですけど、基本的にはOSや使用しているアプリケーション（セキュリティソフト等に限らず）のアップデートを確認したりしていますから使用年数が増えれば使用しているアプリケーションも増えるし、相対的な性能低下もあるし、そう言うことが総合的に重なって起動は遅くなります。
ある程度は必然という感じですけどね。
「ディスクのクリーンも時々行っている」って言っても、こまめにアプリケーションのアンインストールも行っていないと結構遅くなりますよ？