片目が潰れて取り込まれる　

追伸
ごめんなさい
フィルムのスキャンなら１２００ｄpiは妥当ですね。
３００dpiはプリントした写真をスキャンの解像度です。
プリントした写真からの方がスキャン時間は短く、選んだ写真のみのスキャンも可能で
効率的だと思います。

余計なお世話かもしれませんが、
８００冊のミニアルバムかなりの時間がかかりそうですね。
私はリバーサルフィルム数十本分をデジタル化しました。
三カ月ぐらいかかったと記憶しています。

３００dpiで充分かと思います。
L判の写真を２５０dpiで取り込み六つ切り（２０３ｘ２５４ｍｍ）でプリントしたことが
あります。
理論的にはL判を六つ切りにプリントするには４８０dpi程度でスキャンですが私には２５０dpiで十分な画質でした。

お節介つでに。
デジタル画像はバックアップしていないとトラブルで総てを失います。
CD、DVDは書き込みに時間がかかり保管、整理も面倒です。
外付けHDDに他のデータも含めバックアップをお勧めします。
パソコンのDドライブと外付けHDDに保存です。
（パソコンのCドライブに大きなデータを保存するとパソコンに負担がかかります。）
三重、四重にバックアップしている人もいるようですが、プリントした写真があれば
パソコンDドライブと外付けHDDとプリントした写真とで充分でしょう。
プリントした写真は見るのに再生機、電気の必要無く最も確実な保存だと思います。

写真はネット上に無料で保存もできます。インターネットが見られる所ならどこでも開け便利です。公開、非公開の選択もできます。
私はフォト蔵を利用しています。
http://photozou.jp/

ビデオテープで撮った子供の成長記録、数十本をやはり約三カ月かけDVDにコピーして写真のプリント出来る長所を実感しました。
（DVDは３組作り、２組はバックアップを兼ね妻と私の実家それぞれにDVDプレーヤーとセットでプレゼントしました。）

少し気になったので補足を。
１．取り込みの解像度について
全自動モードで取り込みの解像度を300dpiにするのと、プロフェッショナルモードの300dpiとは、同じ対象物の同じ面積なら、ほぼ同じサイズの画像が取得できると思うのですが、私の勘違いでしょうか。
300dpiというのは「1インチに300ドットの密度でスキャン」という意味合いですから、スキャンモードの違いで画像の大きさが異なるというのは疑問我の残ります。
「PC内のフォトで見る」とはフォトビューアーのことでしょうね。
見え方の問題なのか、実際にファイルサイズが異なるのか、それぞれでスキャンした画像のプロパティの「詳細タブ」でタテヨコの数値を比べてみてください。
やっぱり違うと思われるのなら、全自動モードでスキャンする前に、スキャンボタンの下のオプションで解像度の指定がどうなっているのか、確認しましょう。
数値が300となっていても、「解像度指定」の項目にチェックマークがなければ300dpiは有効ではありません。

２．ところで、スキャン対象物はフィルムなのですか、それともミニアルバムに貼ったプリントなのでしょうか。
GT-X830は、フィルムスキャンが可能なお安い機器ではありませんから、多分フィルムなのだと推測します。
その場合、取り込み時の解像度はL版プリント相当で1200dpiが推奨されています。
A4プリントでは2400dpiのようです。
そうなると、もともと300dpiで取り込みをしていたにしても、小さすぎるということになりますね。

印刷サイズ別の、推奨入力解像度設定値　↓
http://www.epson.jp/products/scanner/gtx830/feature_1.htm

勝手な想像では、自動モードの時は指定した（と思っていた）解像度は無視され、適正な値で取り込まれていた可能性があります。

> 1200dpiで取り込めば、・・・・、プリントする時もL版・はがき・２L版までは問題なく

↓
というのがソレで、L版プリント＝1200dpiという根拠です。
800本はスゴイですね。
ご検討をお祈りします。

余談です。
私もフィルムスキャンをしたところです。
全くアテにせず、お安いフィルムスキャナを試しましたが、色合いや解像度はともかく、L版程度には耐えられると思います。
　ご参考に　↓　500万画素程度でしたが、販売終了で下記の中にはありません。
http://kakaku.com/pc/film-scanner/itemlist.aspx?pdf_ma=881

推測です。
「PC内のフォトで見る」はWindowsフォトビュウアーをご利用と推測します。
　
１、Windowsフォトビュウアーは解像度の低い画像は小さく表示されます。
　　出力設定の　解像度、出力サイズ等を確認して下さい。
参考URL
http://freett.com/comet333/gazou036.html
http://faq.epson.jp/faq/00/app/servlet/qadoc?001875

２、全自動モードで自動補正機能が働き、白目の部分をホコリと判断し潰してしまうのかも？
自動補正機能が原因だと、解決策はプロフェショナルモードを使うことでしょう。
プロフェショナルモードで各自動補正機能を使って何が確認されてはいかがでしょう。

ところで
「普通のサイズ」は曖昧な表現です。
普通、標準、常識などは組織、地域、時代などで異なりますね。
質問される時は出来るだけ数値など具体的な表現を使われることをお勧めします。

一般的なプリントサイズL判（８９ｘ１２７ｍｍ）を解像度３００dpiで取り込み
ピクセル数は横１５００　縦１０５１　ぐらいになります。
解像度１９２０ｘ１０８０のモニターで
Windowsフォトビュウアーを全面画面で開くと画像の縦はWindowsフォトビュウアーの画面一杯になります。
解像度１５０dpiですとピクセル数は横７５０　縦５２５　ぐらいになり、　
Windowsフォトビュウアーを全面画面で開くと画像の縦はWindowsフォトビュウアーの画面半分程度になります。

添付画像左側が３００dpi　右側が１５０ｄipです。

　　
　　

プロフェッショナルモードというのは、言ってみればマニュアルでスキャンするということなのですが、「サイズが小さくなってしまう」に関しては”解像度”の数値が小さすぎてそうなっているのではないかと推測します。

自動モードは便利と言えば便利なのですが、勝手にコピー対象物を選別したりしますので、プロフェッショナルモードでの問題が改善されたら、プロフェッショナルモードのみを使うことでしょうね。