糊付けしたA4普通紙がスキャンできません！

　どうできないのでしょうか。原稿が通らないのでしょうか、何かエラーが出るのでしょうか。
　この手のドキュメントスキャナーで、「電子機器」から取り込まれている、というお話から類推すると、システム屋さんから、一式で導入されたものを使っておられるのでしょうか。
　スキャナー側のボタン操作で取り込みができていることを考えると、スキャナー側のハードトラブルはまず考えられないと思いますが、パソコンにスキャナードライバーを入れている環境ならともかく、システム屋さんが組んだシステムでコマンド制御されていたりすると、導入元のシステム屋さんでないとわからないかもしれません。
　シートフィードスキャナーで原稿が糊付けされている、というのも気になりますが、ハード的には「キャリアシート」を使ってみるくらいしか思い当たりません。本体のボタン操作で取り込めているようですから、これも関係ないと思いますし。。。すいません、考えてみましたが、役に立たないコメントしか出てきませんでした。。。

> ボタンでのスキャンと電子機器からのスキャンで使用できる紙の厚さの違い等があるのでしょうか？
↓
たしかに紙厚については自動検知していると思います。
ただ、これが本機側のスタートボタンで開始するときと、PCからの制御でスタートする場合との違いについては、EPSONに問い合わせるしかなさそうですね。

因みに、ADFに頼らない（頼れない）時のために、オプションで「フラットベッドスキャナー接続ユニット」というものを￥12,900で用意しています。
まぁこの値段だと、単体でのフラットベッドスキャナが買えてしまいそうですがね。

なんでも質問箱からだと思いますが、電子機器とは?　電子機器とプリンターの接続が上手くいっていないのでは?　EPSONに問い合わせしたら確実と思います。