PNGファイルとしてスキャンするには？

保存オプションにある何れかの形式で保存し、後でPNGに変換するしかありません。

とりあえずJPEGで保存し、画像処理ソフト(Windowsならペイントとか)で開いてから、PNGで保存するということでどうでしょう。

直接PNGで保存するより画質が落ちると思いますが、スキャンソフトで選択できない以上、仕方ありませんね。