免税書類記入ミス

理解しました。
質問者様は小売店のスタッフで、外国人旅行者に免税処理で販売を行いその免税書類を間違って作成してしまったという事でしょうか。

この場合であればとても高い確率で無事帰国可能です。

と言いますのは私自身も海外駐在員ですので外国人旅行者に該当し、数年に一度の日本帰国時は免税で多く買い物をさせていただいております。
帰国日時や入国日は日本人の私は中国人と違って帰国日時を決定せずに入国するため、予定日時のみを店員に伝えており、一度や二度帰国日時の変更はありましたがそれが原因で今までは税関で問題になったことはありません。
＃日程変更は台風や仕事上の緊急事態などでやむなく起こった事例であって、免税書類の偽造や適当に記載することを推奨しているわけではありませんし、違法行為を推奨するものではありません。

フランクフルトなどの世界的に厳しい空港であれば問題発生する可能性も少なからずありますが、アジア圏では厳しい空港は少なく、アジア圏の外国人旅行者が免税書類不備で帰国できなくなる事というのはほぼありません。責任者の方も冗談めいた発言だと思われます。

100%問題ない。とまでは断言できないので上記は参考程度にお考えくださいませ。
以上質問者様の参考になれば幸いです。

これでは第三者には何が聞きたいのかわからん。

どこの国の何の免税書類なのか。
国籍はどこでどこからどこへ帰るかくらい書かなくては。