年金の配偶者控除

恐らくは年金収入が108万円未満で課税最低限以内では無いでしょうか。年金収入が108万円以上ですと配偶者控除を申告して非課税に出来ます。

106万というのは、妻が厚生年金および会社の組合健康保険に加入することになるという制度です。配偶者控除とは分けて考える必要があります。
http://www.nenkin.go.jp/oshirase/topics/2016/0516.files/20160516.pdf

一方、配偶者控除は所得税、住民税における制度です。妻の給与収入が103万以下であれば、従来通り、夫の所得から配偶者控除が受けられます。
https://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1191.htm

収入が106万だった場合、上記の103万を超えていますが、141万未満なら配偶者控除に代わり、夫の配偶者特別控除は受けられます。これも従来通りです。
https://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1195.htm
ただし、妻が社会保険に加入した場合の社会保険料控除は、普通は妻のほうの給与からになります。

補足質問につきまして；

前提条件で不明な点がありますが、わかっている範囲で下記で間違いないでしょうか。
・夫：65歳、年金収入のみ（年金額は不明）
・妻：58歳、給与収入100万円、年末調整で社会保険料控除、生命保険料控除。

妻の収入額が100万ですと、夫のほうで「配偶者控除」を申告できます。（夫の年金額が不明ですが、妻の収入額よりも多いのですよね。妻のほうが夫を扶養とするわけではないですよね）

なお、妻の給与「収入」が100万ですと、給与「所得」は35万となり、基礎控除の38万を引くと、課税所得はもともと0円です。年末調整で国民年金保険料や生命保険料の控除をしても無意味です。（100万ですと、自治体によっては住民税がわずかにかかるかもしれませんので、まったく無意味ではないかもですが）

したがって、少なくとも国民年金保険料控除は、妻の年末調整では申告しないで、夫のほうの社会保険料控除に計上して確定申告したほうがいいと思います。生命保険料控除についても夫がしたほうがいいとは思いますが、契約内容によっては保険金受取時の税金の関係で妻が支払ったことにしたほうがいい場合もあります。

それから、夫の年金所得ですが、65歳になると公的年金保険料控除は120万になりますので、試算の際にはご注意ください。（65歳になるまでは70万でした）
https://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1600.htm

控除漏れは、過去５年間遡って申告できます。
還付は確定申告期間でなくてもよいので、いつでも税務署へ申し出てください。

国民健康保険に入っていると思いますので、配偶者控除だけでなく、社会保険料控除も忘れないように。
奥様に収入はいくらかあるのでしょうか。年齢が58歳ということは、国民年金保険料も払っていると思います。その分も社会保険料控除に含めて確定申告するといいです。
さらに、生命保険料控除とか医療費控除とかあれば申告に含めましょう。