ミーリング加工で刃物の目を残さずに加工する方法はある？

希望しているレベルがわからないので案を述べますが刃数が多くてねじれ角が強いエンドミルで試しては如何でしょうか？
または、仕上げにフロートエンドミル（ねじれが無いエンドミル）で加工してみては？

高速切削（高速回転，高速送り，低切り込み）も一つの方法だと思いますが，加工機械が対応しているかどうかがポイントです．汎用機の場合は主軸回転数に限界があるので，切削液を変えたり工具切れ刃の仕様（すくい角，逃げ角等）が異なる工具を使用する手もあります．もう一つ加工時の振動はどうでしょうか？工具系，主軸系の固有振動数と切削振動が合ってしまうと加工目に出ます．しかしながら，エンドミル加工の場合，引目はどうしても出てしまうような気がします．どこまでを許容範囲とするかではないでしょうか．

材質その他不明な点が多いですが、おそらく加工面は側面より底面の
ほうがきれいにあがりにくいと思います。
弊社で一度試した方法に一枚刃で削るという方法があります。
この方法で側面はいつもよりきれいな面が仕上がったことがあります。
一度試してはいかがでしょう。

回転数をあげてみられてはどうでしょうか。