テフロン樹脂（ＰＴＦＥ）の切削時に発生するバリの取り方

かなりの難問ですね。
前工程としてスライサー（ダイサーの大型で刃が数枚一度にセットできる）のような機械で淵の部分を先に削り取ってしまえば良いと思います。
スライサーなどはカッターではなく砥石（ダイヤ）ですので冷却水を刃の回転方向とは逆方向にかけながらの作業になります。
刃幅も各種ありますし深さも１６ｍｍ程度の加工なら問題なくできる筈です。（何度か繰り返すかも？）
カッターではないので、こちらはダウンカットでバリは出ない筈です。
その後中の肉を削ってしまえば淵のバリは出ません。
底のバリは熱によるゲル状化です。
水溶性（水で良い）の切削液などで徹底的に冷やせば出なくなると思いますよ。（切削液用クーラーなどが必要）
スライサーの有名なメーカーとしては東芝機械やＮＡＣＨＩなどです。
現状では無理かも知れませんが健闘を祈ります。

サンドブラストでの処理はあまり良くないと思います。
研磨剤が素材に食い込み自己潤滑性が落ちる可能性があるからです。
テフロンの特性は酸やアルカリにも侵されず、また熱にも強く（３９０℃で分解）電気抵抗値は樹脂系では最高です。そのため有効な後処理がありません。
バリを作らずに成形することが一番です。
バリは削れないから出るものですので削れれば出てきません。
刃角の鋭い工具で尚且つアップカットで削ってみては如何ですか？（ダウンカットでは確実にバリが出ます。）
機械的特性は板材の場合、金属とゴムの中間と言われていますのでゴムを削るくらいの気持ちでトライすることが大切だと思います。
答えになっていないかも知れませんが、ご参考までに、