立フライスで精度よく6F加工する方法

「バイスでワークをつかんで上下面と、フライスした上下面をつかんで2面加工。」とありますが
その方法だと平行度が出にくいです。それで立てたときに面全体ではなく線でクランプしていることになります。立てたときにはただでさえ動きやすいのに、線でクランプしているともっと動きやすくなります。切削抵抗で動くと直角度が出ないです。粗挽きの後、つかみ直して仕上げても出ないときはチップをサーメットの新品にしたらいいかも

最初の２面の平行が出ていないことが測定時に影響して直角度が出ないのかも。

５面目はワークをバイスにはさんで３面目か4面目を使ってダイヤルゲージで垂直を出して加工をします。もし、ダイヤルゲージがなければできません。

「バイスでワークをつかんで上下面と、フライスした上下面をつかんで2面加工。」とありますが、
ワークの厚みが50ｍｍであっても1面目２面目をバイスで加工するとこの時点で平行度（±0.01）が怪しいと思います。ある程度心配ない精度を出そうとするならば2面目はマグネットにつけてフライス加工をすることが無難です。
もしくは、１面目２面目を加工してから、１面目か2面目のどちらかを研磨することをお勧めします。

参考になれば幸いです。

tara555さんがおっしゃるようにワークの直角を何で計測するかもしくは
何を基準に直角とするのかが重要だと思います。
信頼のおける直角があればバイスおよび機械の直角度を
計り、あとはそれを補正するようにワークを固定すれば良いと思います。

0.01の精度が必要ならばそれなりの精度が出る機械、マグネット、バイス、ダイヤルゲージが必要だと思います。
機械加工公差は基本的に±0.02だと思いますので、0.01というのはなかなか難しいと思いますよ。（機械の制御装置の画面に0.001の表示が出ていると思いますが、フライス加工では精度が出たらラッキーと思うぐらいでちょうどいいと思います。）
そもそも0.01の測定は何でしますか？
0.01の測定ができたとして、それなりの加工をしたいのならば、ふくさんが言われる通り機械（バイス）の癖を見込んで加工するか、研磨ならばライナーをかますぐらいしか思いつきません。

6F加工って六面加工のことでしょうか。
それならば２面目を挽くときに一面目をピックテスターで測定するの。
測定しやすいように口金とワークの間にワークよりも幅の狭い板を
かませるといいかと。
測定すると出ていないと思うのでライナーをかって合わせるの。
微調整はクランプ力でするの。４面目は敷き板を２本おいてワークを乗せて
プラハンでたたくの。　強く締めるとバイス、テーブルが反って
しまうのでたたいても無駄です。軽く締めるしかないです。
強く締めてバイスが反った時にテーブルとの隙間に切り粉をエアーガンで
押し込むと、反ったままになります。

それとも上下面を平面研削盤で平行に研磨して、研磨した面をつかむと
たぶん直角度は出やすいかと思います。出なかったらライナーをかいます。