色差計測において、光沢は関係ないのか？

色差の評価は，互いの色の差を評価するだけで，ツヤ(光沢度)は色の評価と異なります。ツヤは光沢度計によって評価します。比較測定する試料がそれぞれ光沢が違うものであっても計測はしますがその場合の評価値(色差)の扱い，つまり色差値は参考値として表されると考えるのでしょうね。
私は測色値と色差及び光沢度の値を用いて評価する方法を考えます。
ご質問内容の意味について暫く考えていましたので，回答が遅くなりました。

色差計にもよります。
艶に関係なく自動的に補正して測定してくれる機械もあります
しかし、色差に違いが無くても、艶ありと無しでは人の見た目では違う色に見えてしまいますよ。

今までその様に複雑に考えたことはありません。

色差は基準色と測定色との色差ですから半艶の見本と艶ありの見本では当然差が出ると思います。
あくまでも半艶の場合の見本に対しての測定値と言うことで数値を管理されたらよいのではないでしょうか。

艶有の場合にはそれ用の標準色を作成しておいてそれに対しての色差で管理することをおすすめいたします。