せん断面と破断面についての疑問

簡単にイメージすると
せん断：はさみのように切る
破断：引きちぎる
ということです。
つまり、鉄板を抜くとき初めにはさみで切り、そして引きちぎるというイメージになります。
このイメージで考えるとせん断面の距離は何に左右するかおのずから分かると思います。
まず、クリアランスが関係することはすぐにお分かりいただけると思います。
後、忘れがちなのがパンチやダイの面粗さや面精度。それに切刃の切れ味。
鉄板の引っ張り応力などが複雑に関係しています。

参考になれば幸いです。

「せん断面の距離はポンチの刃先が材料に入った距離とは
あまり関係はないのでしょうか？」
関係がないとは言いきれません。
逆に無理やり絶対的な関係をつくろうとするならばパンチの側面をざらざらにして刃の切れ味を悪くすれば否が応でも関係が出来ると思います。
「特に二次せん断面ができるというところがよくわかりません。」
この質問が出てくるところをみると質問の根底にあるのはパンチの側面の面粗さが関係しているように思います。
パンチの側面を十分に磨いてください。
最後に言いますが、金型を新規でつくって（パンチの側面を綺麗にして）すぐに二次せん断が出るというのはほとんどの場合クリアランスが狭い場合に起こります。若干クリアランスを広げてみてください。

参考になれば幸いです。

　通常は、金型の刃の部分によって材料は剪断されますが、その後せん断ではなく破断に移行していきます。これは金型のクリアランスによる差が大きく、また、同じクリアランスであれば材料強度に寄る差も発生するかと思います。
　わたしはプレスの専門家ではないため、詳細はわかりませんが、参考になりそうなＵＲＬを添付しましたので、そちらを参考にして頂ければとお思います。
　参考になれば幸いです。