プログラムを実行して終了したら自動的に消す方法

OSPの場合ですので参考となりますが、
DNC-DTでスケジュールプログラムを使用すれば、
DELETEにより可能です。
-----
N1 PSELECT HD0:PRG1.MIN
N2 DELETE HD0:PRG1.MIN
N3 END
-----
N1でPRG1.MINが選択実行され、
N2でPRG1.MINが削除されます。

自動的に消す方法はありません.
ただ、MDIからサブプログラム呼び出しすれば、
(例えばファナックならM98P0001)
入力した呼び出し指令プログラムは即座に消えますので、
それで再実行は防げると思います.

マクロを使用した別の方法を紹介します。
計測手順ですが
(1)目的の工具を呼出し工具長補正を有効にして移動させる
(2)工具をワーク、もしくはセンサにタッチさせる。
(3)そのZ位置のワーク座標の値を読み取る
(4)その値を表記のプログラムに打ち込む
このような手順であると想定します。

システム変数を用いて、自動的に補正値をセットするプログラムです
F制御機メーカーのシステム変数を使用した例
(変数説明)
#5043 システム変数:今現在のZ位置座標(ワーク座標系)
#4120 システム変数:今現在の主軸工具番号
--------------------------------------
O8000
#500=#4120+10000;←現在の主軸の工具番号をオフセット番号への変換準備
#[#500]=#[#500]+#5043; ←オフセット番号へワーク座標のZ値をセット
M30
--------------------------------------
手順(2)の状態でこのO8000のプログラムを起動すると主軸工具のオフセット番号に値がセットされるハズ・・・

(補足)
システム変数番号はメーカーやマシンによって異なります。
うまく機能するかは保障できません。イメージとして捉えてください。

自動的に消去する方法はわかりませんが、一回実行したことがわかるようにフラグを立ててプログラム先頭で判断し、ＧＯＴＯで最終行に飛ばすのはどうでしょうか？具体的には任意の変数に実行回数をカウントしておき０のだけ補正入力を実行。