衝撃加速度の計算方法とは？

通常は実測して決めるのですが、計算で想定する目的は何でしょうか？
品質保証することはできませんし、設計する根拠にもなりません。
たとえばパレット積み込みの規格であれば　ＪＩＳの輸送などに規定がありますので　規格値を保証すべきです。
また　落下衝撃の保証では　落下高さをあげて保証しなくてはなりません。

衝撃に関しては、以下を参照して下さい。
http://www.terrabyte.co.jp/gatten/article_dyna3.htm
http://www.jtmcorp.co.jp/yomoyama/09.html
また、検索しますと、他のサイトもあります。
それと、機械工学では、『力積』にて表現されます。
http://sprite.eng-scl.setsunan.ac.jp/one-point/phys/momentum.html
等で確認ができます。また、検索しますと、他のサイトもあります。
それに加えて、物理（落下速度計算）を使用しますと、求められます。
http://laboratory.sub.jp/phy/01.html
等で。

結果は、多くても300kg×1.2 程度でしょうか。
10mなら20～500倍位でしょうか。

前の回答者のご指摘の通りと思います。
段ボール１枚でも緩衝作用のある材料が間にあって，その材料をモデル化すれば衝撃力は有限値になるので計算可能です。モデル化は，モデルの精密さによっていろいろなレベルがあるでしょう。緩衝材に加わる圧縮力とつぶれの関係をどのように表すか次第ですが，乱暴に単純化すれば，圧縮バネと仮定することもできるでしょう。こうすれば，簡単な式で衝撃力を表現できるので手計算できます。圧縮力とつぶれの関係を非線形な関係で表した場合は，図形的な解析か数値計算によれば解けるでしょう。
現実には，落下面が完全に着地面に平行にならない状態で落下すると思いますので，もう少し複雑なモデル化が必要になると思います。ご専門の方からアドバイスがあることを期待しています。

誤記ありました。g=9.8m/s^2として、
誤：G=(V-0)/t
正：G=(V-0)/(t*9.8)

貨物が何秒で速度0になるかがわからないと衝撃加速度は計算出来ないのでは？

ガリレイの実験で知られる通り、空気抵抗を無視すれば何Kgの物も同じ速度で落下します。衝突直前の速度は
V^2-0^2=2*9.8*0.1
からわかります。それがt秒で0となとGは、
G=(V-0)/t
　
なのでtをどう求める(考える）かが問題です。過去の類似品の実験結果があればそれから求めるのがよいかと思います。