モータの選定について

同期回転数は　４Ｐ：1800rpm，６Ｐ：1200rpm　であり，すべりにより回転
数は低下します。一般的には低速の６Ｐのほうがややすべりが大きくなりま
す。つまり４Ｐのほうが機械効率は良いと言えます。
また減速モータの場合出力トルクを定格とするので，同じ定格のモータだと
トルクは回転数の逆比すなわち６Ｐでは４Ｐの１．５倍になります。
機械的部品はトルクに応じて設計するため，同じ定格出力のモータだと
６Ｐ品は４Ｐ品より１～２枠大きくなり，価格も高価になります。
要は機構を含めた駆動系の力学的なバランスを考えて，有利になるように
モータを選定すべきです。

６Ｐモーターは４Ｐモーターの２／３の出力回転速度なので、モーター容量が同じなら、出力トルクは３／２倍となります。
４Ｐでも６Ｐでも必要な減速機の出力回転速度とトルクは同じでしょうから、減速機の大きさ＝出力軸回りの大きさは変りません。
６Ｐのほうが回転速度が低いからといって減速比だけ見て低減速比のものを選定するとＳＦ（安全率）が低くなります。
必要な回転速度とトルクとＳＦから考えたほうがいいです。
条件によっては６ＰでＳＦぴったりの場合もあるでしょう。
が、私の経験では６Ｐモーターを選定するのは２２ｋＷ以上でそれも減速比の条件などが合わなくてやむなくということが多いです。

＞6ポールにして回転数を低くすることで減速機も小さくて済むようにしようと思うんですが

小さな減速機なら軸も細くなりますね。
機械強度的に余裕があるなら問題は無いでしょうが・・・

皆さんが言っておられるように世間一般では6Pより4Pが多い為に入手のしやすさが違います。

油圧ポンプなども6Pもありますが4Pを基準に設計されている物が多いと思います。

>減速機を小さくするよりポール数を4から6にする方がコストがかかるからでしょうか？

それを考える以前に６Ｐモータが入手可能かどうかを先に調べて見れば？
回答（1）さんも少し触れてますが、
小型モータで６Ｐを標準在庫してるメーカを知りません


0.1kw以上
http://wwwf2.mitsubishielectric.co.jp/melfansweb/gear/lineup/model.html
http://www.hitachi-ies.co.jp/products/motor/gear/ca01.htm
http://www.fujielectric.co.jp/fcs/fdm/products/geared.html

100W以下
http://www.orientalmotor.co.jp/products/ac/index.html
http://catalog.nidec-servo.com/digital/general/d_ach/index.html

市販のモータは４Ｐ（ポール、極）が多いので、それを使用すると
良いでしょう。
減速機は、４Ｐの回転数からと６Ｐの回転数からとの大きさやコストは
殆ど変わらないので、スペアパーツの問題からも汎用性のある４Ｐで
計画した方が良いでしょう。