エアーシリンダの位置決め方法について

シリンダをストロークエンドで止めていいかはシリンダの耐荷重がありますので、それが許容されるのかメーカーにご確認ください。
（シリンダチューブの両端をふたしているボルト・ナットが耐えれるかどうかです）
あとはストロークエンドの位置誤差はシリンダの出来合いで変わってきますので、それも許容範囲か仕様のご確認を。
（＋１～２ｍｍ程度）

ということで、耐荷重や位置決めをしっかりしたいのなら、ストッパをつけた方が無難です。
ただし、ストッパを変な位置につけてロッドにモーメントがかかってしまうかもしれませんのでご注意を。

ちなみに、リンクで減速ではなく増速されるんですよね？
減速だとシリンダの最高速度が１ｍｍ／ｓを超えそうなので、多分一般のシリンダでは耐えれないと思います。バルブや配管も最大限大きいものになります。
増速なら増速で推力や耐荷重が心配ですが…
以上、蛇足でした。

追記で、滑らかに停止させたい場合：

・シリンダエンド使い
シリンダのオプションでエアクッションというものがあります。
（使用条件が明確なら、シリンダメーカーも相談にのってくれるはずです）

・ストッパ使い
ショックアブソーバというものがあります。
これは選定の計算方法がしっかり載ってます。