共鳴器の材質を変えると周波数スペクトルはどう変わる？

日本での音叉メーカーは極僅かであろうと思われますが・・・
共鳴やら周波数ということならば老舗メーカーであれば様々なノウハウがある
であろうと思われますので、ダメ元で当たって砕けてみてもよろしいかと思う

ヘルムホルツの共鳴式は、とてもアバウトな式なので、お問い合わせのような
状況を解析するには適していない（解析は無理）と思います。

ご所望の解を得るには、流体解析と機械系の3次元解析の統合解析ができる
ソフトを使う必要がありそうに思います。申し訳ありませんが、市場にある
ソフトで対応できるか否かを存じません。

ヘルムホルツの共鳴式を基本としても、付加的な要素についてモデル化とパ
ラメータフィッティングをご自身で実施すれば、エクセル程度の解析エンジ
ンでも、所望の解を得ることは可能性があると思います。とは言っても、相
当の勉強と試行錯誤が必要と思います。

当面の手段としては、音響解析を専門とする、大学の先生のアドバイスを得
るべく、アプローチを試みることをお勧めします。

大学の先生のアドバイスを回答しましたが、都道府県の工業試験所にご相談
になる方が敷居が低いと思いますのでご検討をお勧めします。

音響・振動　試験・研究機関
http://tri-osaka.jp/group/infoele/life/acoustic/link/oto_shiken.htm

音響　CAE　等のキーワードで検索すると、どのような会社や研究機関が
テーマとして扱っているか、それなりにヒットします。

http://jikosoft.com/software/xfem/SampleAna_acoustics.html
http://monoist.atmarkit.co.jp/mn/articles/1103/09/news105.html
http://www.cae-sc.jp/docs/pafec/pafec_intro040_vibro.htm

上記は一例です。ご自身でも検索してみて下さい。

原因も良く判らないのに
シミュレーションでやろうというのは無謀だと思います。

傾向をつかむだけなら
http://www1.bbiq.jp/sirasaka/sp%20matome.html
あたりを参考に。