画像処理カメラで測定したワークの角度分だけサーボモーターを回転させる

句読点改行してやっとこさ理解できました。
画像処理は関係ないですね

検証をしましたか？
ラダーで出しているパルス量が想定角度に合致しているか。

１）９０度・１８０度・２７０度・３６０度に移動するとして
計算したパルス数が正常にドライバーへ出ているか。

２）パルス量が正常（計算通り）なら９０度・１８０度・２７０度・３６０度に相当するパルスを出して
９０度・１８０度・２７０度・３６０度になるかどうか。

初回は超高速で動かす必要はないです、目視確認が十分できる速度でゆっくり回す。
３）角度に問題が無ければ徐々に速度を上げる。

１）でパルス量が違うなら演算間違い
２）で角度が違うなら計算間違い、もしくはドライバーの逓倍数・電子ギアなどパラメータ設定が違う。
３）で速度を上げたら角度に変化が出るなら、オープンC等使ってパルス読み落とし
しているのでラインドライバーに変更する。


５度も変わる事を溜りパルスで説明をするラダー屋さんは信用できません。
http://fa-dic.mitsubishielectric.co.jp/faq/show/15270?category_id=886

回答（１）さんを読んで思わず書いてしまいました。
その昔、同様のものを客先に提出したら
客先のおっちゃんから（肩書きの有る人）から
要点を一番上に書けと怒鳴られましたよ。
「俺の役目はオマエの結論を聞くだけ
俺に文書を全部読めというのか。」
文章の記載方法も大事ですよ。

三菱電機PLC位置決めユニットの仕様でしょうね
位置決めユニットの型番は何でしょう
また原点復帰モードはなに
それらによって回答は変わります

位置決めユニットのマニュアルを百回程読み返しましょう

>>待機位置ボタンを押し待機位置へ移動した時点で回転軸が必ず５度ずれます

からすると、角度測定以前の問題なので、ラダーにゴミ(バグ)が混入
していることを真っ先に疑います
また、待機位置移動前にキーエンスの機器から信号は入ってませんね？
ひょっとしてノイズが発生している可能性もゼロではありません

>>外注設計者も画像処理を使ってサーボモーターを動かすのは初めての人
>>だそうです

上記ノイズが原因でないとすれば、画像処理云々は無関係なので、外注
設計者に汗をかいてもらうか、三菱電機にきてもらうしかないでしょう
(質問の手材料だけでズバリ答えを言い当てる方は余程の専門家か超能力
者でしょう）

原因はいろいろ考えられるのでココで聞くよりコンサル頼んだほうが早いです
まずチェックすべきなのはカメラ取り付け角が５度ずれてないかですね。

そんなこと既にやったよというのなら、質問や補足にちゃんと書くべし
質問２回目では質問者さんの実力もわからないですしね。