出荷後の耐電圧試験不合格事象について

すでに良回答受けて輸送に原因がないか確認開始ですかね。

可能な限り返品してもらい再検査が初期対応として必要です。

配送時にありうるのは既出の変形、海水などの付着
腐食などは外観検査でわかるはず。
先方の検査工程でありうるのは、プローブなどで塗装を傷つけて検査しているケースが無いか

全数検査しているから製品の問題はないと考えるのは思い込みと捉えましょう。

まずは、次のような「なぜなぜ」について考えてみましょう。
塗膜は、ピンホールが生じないことについて、実績があるものですか？
客先での不良発生率はどの程度ですか？
以前は発生しなかったのだが、発生頻度が上がったのでしょうか？
客先と御社の試験条件（試験電圧、試験部位）は同一でしょうか？
御社の試験電圧 1 kVに対して、製品の絶縁破壊電圧（実力）はどの程度ですか？
耐圧試験後、客先納入までのハンドリング、輸送などで傷・打痕など発生していませんか？
特に気になるのが、御社の試験方法で、製品に対してきっちりと電圧が加わっているかどうかです。
塗装膜に電圧を加える方法には、アルミ箔を製品に巻き付けるような方法とか、多数の細かい金属ボールの中に埋め込む方法とか、食塩水に漬ける方法とかありますが、いずれも全数検査の方法としては手間がかかります。もっと簡略化した方法なのでしょうか？

質問の情報だけで答えられるのかな？
状況がよく分からないです。

当てずっぽうで・・・
測定時の設定が異なる。若しくは測定器の不良
アースを取る位置が違う。輸送中に装置内部が変形して筐体に接触とか・・・