大学院進学において最も見られる要素とは？

入試試験は，ある一定のラインを越えてくれないと教授会でOKがでません。
なので受験するみんなと同程度の点数がとれないと話にならない。

研究計画書については，期待はされないしある意味できていて当然だと思います。
殆どの学生が進学希望先の先生と相談しており，どのようなテーマを与えてもらえるのかとか，取りあえず入学に際してこのことについて書いておこうというのは先生と相談していつはずだと思います。なので書いてなければだめですが，内容を審査するとは思えません（大学によりますので注意）。
卒論などの研究能力。これも普通は修士以降で力を付けていく物でそれほど期待はしませんが，もし指導教官との面談であなたが能力を示すことができれば，一番最初に書いた入試のボトムラインをあなたの為に下げることも実際にはよくあることです。あなたを受け入れる予定の先生があなたをどうしても欲しい。といい，学位をとるまで責任をもつ。と言えば他の教授陣はなかなかそれをダメだと言いにくいので。

あなたの研究分野や、志望する大学院と研究室によっても、事情がかなり違うので、それを踏まえずに「大学院」とひとくくりにするのはかな乱暴な話です。
それを理解したうえで、あくまでも分野の特性を無視した一般論として、書きます。
院試の筆記試験というのは、「院で研究をするために必要な最低限の学力をクリアしているかどうか」を見るものです。
卒論や研究計画書は、「院に進学した後、研究者（の卵）として、自分の研究を進めて発展させていくだけの力があるかどうか」と見るものです。
両方とも大事なものですが、筆記試験が「最低ラインの確認」、卒論や研究計画書は「これからの能力（見込み）の確認」であり、確認する内容の性格が違います。
どんなに筆記試験が良くても、卒論や研究計画書の内容から「これでは研究者としてやっていくのは無理だな」と指導教員が判断すれば、そこでアウトです。卒論が「卒論レベルとしては優秀」であったとしても、「これから研究者としてやっていくためには、この卒論のテーマやアプローチでは、今後の発展性が見込めない」というものならば、院試での評価は低くなることもあり得ます。
だから、「事前に指導教授と相談したり研究者としての能力や意気込みが最も大事な要素」と言われるのです。

なお、大学院にもよりますが、院試の筆記試験は複数の教員で採点することがあります。英語など専門分野以外の試験の採点には専門分野以外の教員が出題・採点していることもあります。筆記試験に合格基準点が設けられていることもあります（卒論や研究計画書との合算での合否判定ではない、ということ）。
指導（予定）教員がいくらあなたを合格させたいと思っていても、あなたが筆記試験で合格基準点をクリアしてくれていないと、卒論や研究計画書だけでそれを逆転させることはできない、ということもあり得ます。
どちらも全力でがんばってください。