EP306のインク認識できない表示

>インクは純正品しか使えないのですか

そんなことはありません（であれば店舗も怖くて扱えないはず）。
粗悪なものはとことん粗悪で、それこそ詐欺にちかいものもありますが、
非純正品にも、そこそこまともな品質ものもあります。

>純正品のインクにすべてかえてやり直しすれば元に戻りますでしょうか。

装着した段階でメッセージが出ていれば、
基本的にはそのとおりです。
非純正品を装着した段階でメッセージが出て、
実際に非純正インクを内部に取り込んでいなければ、無事の可能性は高いです。

ただし、粗悪な非純正品だと、本来セットすべきインクとは違うインクを
物理的に装着できてしまうものもあり、このときにインクのセンサーを壊すと、
修理が必要になってしまいます。

質問者様が装着された非純正品の状況がわかりませんので、
これ以上はコメントが難しいです。
取り外した純正品のマゼンタを再装着してみて、マゼンタのインクがないので
カートリッジを交換するように促されれば、一安心、といったところでしょうか。

非純正品の数百円のコストで、おそらく何時間も時間を無駄にし、
純正品を買いなおすための費用と時間と手間を考えると、
非純正品のリスクが想像以上に大きいことがわかるはずです。

さて、質問者様とは別に、注意が必要なのがNo.1氏の言動です。
No.1氏が言っていることは中身がまったくの誤りで、
自分が買ったものの仕組みをよく理解せず、
メーカーに全責任があるかのようなことを吹聴する輩ですので、
決して惑わされないように。
メーカーが詐欺どころか、ヘタすりゃ責任追及が回りかねないくらいの内容です。

>切り開くとちゃんと残っています、しかも大量に、
エプソンのピエゾ式インクジェットは、たとえるなら注射器みたいに、
「物理的な圧力で」インクを押し出しているのです。
そのため、カートリッジからノズルまでの経路に空気が少しでも入ると、
その空気がインクを動かすはずの圧力を吸収してしまい、インクが動かなくなってしまう。
一度こうなってしまうと、クリーニングしようがカートリッジ交換しようが無意味で、
修理しなくてはいけなくなるのです。

そのため、空気が入ることを避けられるよう、
「安全マージン」として、機器のトラブルなどで
実際のインク残量とカートリッジの情報に乖離があっても安全なように、
要はインクカートリッジのコストに見合う量より少し多めに入れているだけの話です。
No.1が鬼の首を取ったかのように吹聴しているのはこの安全マージン分、ということで、
インクが残ることは、カタログにもホームページにも書いてあります。

使い終わったカートリッジに自分でスポイトでインクを補充するタイプの
詰め替えインクは、このときにカートリッジ内に空気を入れてしまい、
いわば「自爆」しているのです。

こうなると、数百円をケチったせいで1万円の出費が必要になる本末転倒なわけです。
自分で詰め替えるのではなく、リサイクル品の中でも、
化学的組成で目詰まりしているのではなく、空気が入り込んだことで、
インクが動かなくなっているのが実態なのですよ。

>ただ１色無いと（本当は在っても）表示されたら白黒でさえ印刷出来なくなる
ここ数年のモデルはカラーがなくなっても「黒だけでモード」で稼動します。
HP社礼賛が徹底しているようですね。

>出来たものを見て、ああこれはレッドがなくなったな
印刷物を見てからじゃないとインク残量がわからないって、
私から見れば不親切極まりないですね。
用紙を無駄にしてから気づくなんて論外だと思いますがね。
HPの中の人も、ちょっと苦笑いでしょうね。

インクは純正品を使用していないと、このような事態になった時に
補償の対象外となります。
非常に高い純正品のインクに替えれば、元に戻るかどうかはやってみないと
分かりません。

私もだいぶ前に一度非純正品を使用し、黄色が汚くなってしまったため
以降純正品を使っていますが、未だに黄色の汚さは残っています。
（私はEP-703Aでしたが）

私はエプソンの製品は絶対に買わない事にしています、
あそこの製品は詐欺罪で訴えてもいいとさえ思っています
インクがないと表示されても振ってみるとまだまだありそう、
切り開くとちゃんと残っています、しかも大量に、
なおかつ、ただ１色無いと（本当は在っても）表示されたら
白黒でさえ印刷出来なくなる、そんな物塵で捨ててしまいなさい、
キャノンか多少色は悪いけれどhpを進めます、私はもうずっとhpです
何より故障が少ない、十分の一以下の非純正インクで綺麗に印刷出来
１色無くなろうと出来たものを見て、ああこれはレッドがなくなったな
と分かる位なものですから、