ギャップ調整のやり方

機種名が書かれていませんが、
>黄色のヘッドだけ隙間ができて

本当にギャップ調整の範疇でしょうか？
色ごとに単独のヘッドを持っているわけでは無いので、
黄色だけズレる、ということはあまり考えられません。
（もちろんメーカー内部用の専用ツールでは、その機能があるのでしょうが）

一般利用者側でできることは、マニュアルに書かれている範囲の通りです。
通常は、
まず、ノズルチェックパターン印刷で、
「全てのノズルからインクが出ている」ことを大前提に、
ギャップ調整は
プリンターのメニューか、
コンピューターにインストールしたドライバーから実施をします。

>紙詰まりが発生。その時紙送りとヘッドのタイミングがずれてしまい
紙詰まりで発生するズレは、
多くの場合、上述の、利用者側で吸収できるレベルです。
なお、紙詰まりの際に、
生乾きのインクがエンコーダーに付着したなどで、
ヘッドの位置情報を正確に把握できない状況が発生しても、
ギャップズレは発生しますから、エンコーダーの清掃も行うべきでしょう。