スキャナーの紙の大きさの設定方法

未使用メーカー品　御利用機種不明ですが　原稿台（ガラス面）の隅に配置するのが基本です

エプソンの場合は右手前かな？　コピーを取る方法と同じ
https://www2.epson.jp/support/manual/4132064_00A.PDF

中央に原稿を置くと　原稿台全面　A3サイズでデータ作成する場合が多いです

本体操作パネルに原稿サイズの指定項目は無いみたいですね
https://faq2.epson.jp/web/Detail.aspx?id=36101

指定された角に配置しても正しく認識されない場合は　パソコンからスキャンアプリを使って用紙サイズ指定するしか方法は無いかも知れません

データの保存形式を何にしましたか？
画像のデータ形式（BMPやJPEG）には、
「用紙サイズ」という概念はなく、
取り込み時の解像度設定に応じたドット数の集合体になりますので、
印刷した際のプリンターの解像度との関係で、
元のサイズが忠実に再現されるわけではありません。

A4のものを取り込んでA4に忠実に再現したいのであれば、
用紙サイズの概念を持つPDF形式などに適切に設定してください。