書類をプリンターからPCにPDFとして保管できない

プリンターの種類を書かないと回答しずらいと思いますよ

プリンターの上に置いた書類をスキャンしてPDF保存したい。
という趣旨でよいでしょうか。

プリンタのドライバーをインストールするとプログラムフォルダに
EPSONScan2　というスキャナーのソフトが入ります。
これを使ってプリンタからスキャンするんですが、ウインド下部に保存形式としてJPEGやPDFとかを選択できますよ。

事象の報告ではなくて、課題の解決のための質問にするために
情報の補足をしていただいた方が良いでしょう。
・使っているEPSON機種
・コンピューターのOS
・コンピューターとEPSON機種の間の接続方式
・[書類をプリンターからPCにPDFとして保管できない]と判断した経緯や根拠、機器の動作状況や挙動

要は直接機器の状況を見えない第三者でも、
再現ビデオを作れるような情報が無いと、
期待されるようなアドバイスがつく可能性が
下がってしまいますよ、ということです。

補足の方法：
https://secure.okbiz.okwave.jp/okwave-faq/faq/show/1452?site_domain=help

もともとできない仕様・設定なのかもしれないな。

全く別の方法を試してみる。

お使いの機器やPCのOS、どのようにできないのか等々、必要なことを説明しないと期待される回答が得られる確率が下がりますよ。