ESPRIMO WF-X/E2

https://www.fmworld.net/fmv/fh/2006/spec/
こちらですね。

カスタム状況がわからないですがCとDドライブがある環境だと

・約1TB SSD ＋ 約3TB HDD
・約512GB SSD + 約3TB HDD
・約256GB SSD + 約3TB HDD
・約256GB SSD + 約1TB HDD
・約1TB HDD

ってカスタムのうち約1TB HDDの選択を除いてDドライブが最初からある構成になりますね。
一度可能ならリカバリをして見るとかでしょうか。

内蔵HDDの故障？って疑いもないとは言えませんが…

おそらくHDDがクラッシュ寸前なのかもしれませんね。
あとはファンの異音かも？
とりあえずCrystalDiskInfoでHDDの健康状態を確認されてみてはいかがでしょうか？
使用時間が3万時間を超えていましたらそろそろ寿命ですね。

https://www.pc-master.jp/mainte/crystaldiskinfo.html

まず、chkdskで論理的エラーの修復が必要ではないでしょうか。
https://pctrouble.net/running/chkdsk.html

それでもエラーがでるのであれば、
・代替保留中のセクタ
・回復不可能セクタ

これらを処理する必要があります。

ちょっと難易度は高いかもしれませんが、chkdskまでやれたのであれば可能かと思います。
Hdat2にて物理的エラーの代替処理を行ってみてはいかがでしょうか？
https://pctrouble.net/software/hdat2_repair_badsectors.html