ハードディスク断片化の最適化が、改善されない。

Cドライブの残り10％が最適化されない問題ですが、Ｃドライブの空き容量が少ないのが原因ではありません。
CドライブにOSがインストールされている場合、Windows上で現在使用しているファイル群や使用を予約されたファイル群については、Windowsがロックしてデフラグの対象外になります。
特に大きな容量のファイルとして、ページングファイルがあります。デフォルトで物理メモリの1.5倍、作業が追いつかない場合はデフォルトで自動的に領域が拡大され、最大で物理メモリの3倍が確保されます。このファイルもデフラグの動作対象外になります。物理メモリが2GBあれば3GB～6GBが確保されることになりますので、大容量なHDDをお持ちでも結構な割合になるでしょう。

改善法としては
http://www.atmarkit.co.jp/fwin2k/win2ktips/077setpgflmin_max_eq/077setpgflmin_max_eq.html
で解説されているような対処になります。

また、いったんページングファイルを「なし」に設定したり他のドライブに移動してからCドライブのデフラグを行い、再度Cドライブに上限と下限の大きさを同じにして確保することで、以後のページングファイルに起因するディスクのフラグメントを防ぐことができます。
移動法は
http://www.gfj.co.jp/fragment.htm
を参考に。

※たとえOSを再セットアップしてフラグメントを解消する道を選んだとしても、ハードディスクを換装する必要はまったくありません。

どうしても気にになるなら、HDD交換してリカバリしてください。

セーフモードで実行して見て下さい
自分はこれで改善しました

立ち上げロゴ即F8を連打です

　PerfectDisk( http://ja.wikipedia.org/wiki/PerfectDisk )やDiskeeper( http://ja.wikipedia.org/wiki/Diskeeper )のようなデフラグツールを使えば簡単にできるはずです。ひょっとして制限版を使っている????
　Perfect DiskのDesktopバージョン( http://www.netjapan.co.jp/e/product/storage/PFD/index_S-D.php )でよいでしょう。
　試用版は、http://www.netjapan.co.jp/e/support/download/trial.php#Paragon
　製品版と同じもので期限があるだけです。１ヶ月使えます。

Cドライブには動かせないシステムファイルがあるのである程度は仕方ないと思います。